UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F46H5.4F46H5.40chrX 7,249,770contains similarity to Pfam domain PF06920 Dedicator of cytokinesis contains similarity to Interpro domains IPR011608 (PRD), IPR002052 (N-6 adenine-specific DNA methylase, conserved site), IPR010703 (Dedicator of cytokinesis), IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
2glt-6R05G6.6n/achrIV 7,505,011glt-6 encodes an ortholog of glutamate/aspartate and neutral amino acid transporters.
3T20H4.5T20H4.5n/achrIII 7,233,493T20H4.5 gene encodes a 23 kDa subunit of mitochondrial complex I that is required for oxidative phosphorylation and for resistance to volatile anesthetics; T20H4.5 is orthologous to human NDUFS8 (OMIM:602141, mutated in Leigh syndrome).
4T05G5.1T05G5.1n/achrIII 9,741,123contains similarity to Pfam domain PF00008 EGF-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006209 (EGF-like)
5ger-1R01H2.5n/achrIII 7,066,371C. elegans GER-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01370 NAD dependent epimerase/dehydratase family contains similarity to Interpro domains IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
6skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
7BE10.2BE10.2n/achrIII 12,795,671contains similarity to Homo sapiens Transmembrane protein 195; ENSEMBL:ENSP00000341662
8C30C11.1C30C11.1n/achrIII 8,450,050contains similarity to Pfam domain PF01783 Ribosomal L32p protein family contains similarity to Interpro domain IPR002677 (Ribosomal protein L32p)
9M01A10.3M01A10.3n/achrI 5,549,799contains similarity to Pfam domain PF05817 Ribophorin II (RPN2) contains similarity to Interpro domain IPR008814 (Ribophorin II)
10clh-5C07H4.2n/achrII 9,096,575The clh-5 gene encodes a chloride channel, whose human homologs include CLC1 and CLCN5; the latter homolog is imvolved in receptor-mediated endocytosis.
11clec-53T03F1.10n/achrI 3,872,447C. elegans CLEC-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR002352 (Eosinophil major basic protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
12F11E6.8F11E6.8n/achrIV 17,447,304contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
13D2021.8D2021.8n/achrX 8,552,722contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
14rad-26C27B7.4n/achrIV 8,897,727C. elegans RAD-26 protein; contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000330 (SNF2-related), IPR000694 (Proline-rich region), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
15gly-19F22D6.12n/achrI 7,113,932gly-19 encodes a protein similar to 2/I N-acetylglucosaminyltransferase; it is probably coexpressed with gly-18 in the anal sphincter muscle.
16F56D2.3F56D2.3n/achrIII 5,585,825
17T08D2.1T08D2.1n/achrX 162,831contains similarity to Pfam domain PF01105 emp24/gp25L/p24 family/GOLD contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR009038 (GOLD), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
18C11H1.5C11H1.5n/achrX 14,300,542contains similarity to Pfam domain PF00090 Thrombospondin type 1 domain contains similarity to Interpro domain IPR000884 (Thrombospondin, type I)
19ZK470.6ZK470.6n/achrX 4,176,765
20T10D4.6T10D4.6n/achrII 3,121,247contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR009057 (Homeodomain-like)
21C14B9.3C14B9.3n/achrIII 8,109,908
22F16F9.4F16F9.4n/achrX 8,461,517contains similarity to Pfam domain PF07859 alpha/beta hydrolase fold contains similarity to Interpro domains IPR002168 (Lipase, GDXG, active site), IPR017157 (Arylacetamide deacetylase), IPR013094 (Alpha/beta hydrolase fold-3)
23F13E6.5F13E6.5n/achrX 10,696,500contains similarity to Pfam domain PF01569 PAP2 superfamily contains similarity to Interpro domains IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR016118 (Phosphatidic acid phosphatase/chloroperoxidase, N-terminal)
24F08G12.1F08G12.1n/achrX 11,303,901contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
25F22B5.10F22B5.10n/achrII 8,467,514contains similarity to Pfam domain PF05809 Eukaryotic protein of unknown function (DUF841) contains similarity to Interpro domain IPR008559 (Protein of unknown function DUF841, eukaryotic)
26dpy-26C25G4.5n/achrIV 12,448,610dpy-26 encodes a novel, acidic protein that is highly conserved in other Caenorhabditis species; during development, dpy-26 activity is required for both dosage compensation and meiotic chromosome segregation; DPY-26 localizes to all meiotic chromosomes in the germline and to the hermaphrodite X chromosomes in somatic cells; SDC-1, SDC-2, and SDC-3 proteins form a complex and these three proteins, in turn, colocalize with DPY-26, DPY-27, and MIX-1 proteins both on the X chromosome and on a transgenic her-1(+) array.
27M02G9.1M02G9.1n/achrII 10,330,867contains similarity to Pfam domain PF02363 Cysteine rich repeat contains similarity to Interpro domains IPR003341 (Cysteine rich repeat, tripleX), IPR015333 (Pollen allergen ole e 6)
28T01G5.1T01G5.1n/achrV 15,117,760contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
29tag-135D1054.15n/achrV 10,807,021C. elegans TAG-135 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR009146 (Groucho/transducin-like enhancer), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
30prx-12F08B12.2n/achrX 11,393,885C. elegans PRX-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF04757 Pex2 / Pex12 amino terminal region contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR017375 (Peroxisome assembly, p12), IPR006845 (Pex, N-terminal)
31C01F1.2C01F1.2n/achrII 4,300,243C01F1.2 is orthologous to the human gene SCO (CYTOCHROME OXIDASE DEFICIENT, YEAST) HOMOLOG 1 (SCO1; OMIM:603644), which when mutated leads to early-onset hepatic failure; the C01F1.2 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.
32sedl-1W05H7.3n/achrX 1,439,758C. elegans SEDL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04628 Sedlin, N-terminal conserved region contains similarity to Interpro domains IPR011012 (Longin-like), IPR006722 (Sedlin)
33T10F2.4T10F2.4n/achrIII 5,171,158contains similarity to Pfam domains PF08606 (Prp19/Pso4-like) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003613 (U box), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR009053 (Prefoldin), IPR001680 (WD40 repeat), IPR013915 (Pre-mRNA-splicing factor 19), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
34figl-1F32D1.1n/achrV 4,343,730F32D1.1 encodes an homolog of human SPASTIN (OMIM:604277, mutated in spastic paraplegia), FIDGETIN (OMIM:605295, mutated in fidget mice), and FIDGETIN-LIKE-1, and of Drosophila SPASTIN; recombinant F32D1.1 protein has N-ethylmaleimide-sensitive ATPase activity in vitro, which is strongly dependent on the C368 residue immediately C-terminal to its Walker A motif; F32D1.1 is required for persistence of the germline in RNAi assays.
35C36B7.6C36B7.6n/achrX 7,098,999contains similarity to Pfam domain PF05602 Cleft lip and palate transmembrane protein 1 (CLPTM1) contains similarity to Interpro domain IPR008429 (Cleft lip and palate transmembrane 1)
36ddr-1C25F6.4n/achrX 5,463,626The C25F6.4 gene encodes a protein tyrosine kinase homolog that is also homologous to human RS1.
37fbxa-216Y47H9C.10n/achrI 11,902,379C. elegans FBXA-216 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
38Y43F8C.8Y43F8C.8n/achrV 19,644,963contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpS28-PA;; FLYBASE:CG5497
39C05G5.1C05G5.1n/achrX 14,737,200contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
40C18B12.6C18B12.6n/achrX 15,005,608contains similarity to Pfam domain PF07970 Protein of unknown function (DUF1692) contains similarity to Interpro domain IPR012936 (Protein of unknown function DUF1692)
41M04F3.4M04F3.4n/achrI 4,772,433contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR008080 (Parvalbumin), IPR003299 (Flagellar calcium-binding protein (calflagin))
42F23F1.4F23F1.4n/achrII 26,912
43F36G3.2F36G3.2n/achrX 9,793,271contains similarity to Pfam domain PF00583 Acetyltransferase (GNAT) family contains similarity to Interpro domains IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
44F37F2.2F37F2.2n/achrI 1,442,805contains similarity to Pfam domain PF01922 SRP19 protein contains similarity to Interpro domain IPR002778 (Signal recognition particle, SRP19 subunit)
45mep-1M04B2.1n/achrIV 11,526,270mep-1 is required for repression by the fem-3 3' UTR in vivo, and for maintenance of somatic (versus germline) differentiation; MEP-1 protein has zinc-finger domains and a glutamine/asparagine-rich domain.
46mtss-1PAR2.1n/achrIII 8,768,640C. elegans MTSS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00436 Single-strand binding protein family contains similarity to Interpro domains IPR000424 (Primosome PriB/single-strand DNA-binding), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR011344 (Single-strand DNA-binding)
47glrx-5Y49E10.2n/achrIII 12,373,098C. elegans GLRX-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00462 Glutaredoxin contains similarity to Interpro domains IPR002109 (Glutaredoxin), IPR014025 (Glutaredoxin subgroup), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004480 (Glutaredoxin-related protein)
48ncbp-1F37E3.1n/achrI 6,423,903F37E3.1 encodes a putative nuclear cap-binding complex subunit ('CBP80') orthologous to budding yeast STO1 and human NCBP1 (OMIM:600469); in RNAi assays, F37E3.1 is required for embryonic and vulval development, normal locomotion, and general viability; by orthology to NCBP1, F37E3.1 is expected to participate in nonsense-mediated mRNA decay via a pioneer round of translation; F37E3.1(RNAi) induces expression of a gpdh-1::GFP transgene, perhaps because F37E3.1 prevents protein misfolding.
49dnc-1ZK593.5n/achrIV 10,929,896DNC-1 encodes a dynactin, orthologous to Drosophila GLUED, that is required for pronuclear migration and centrosome separation in one-cell embryos and for the correct alignment of mitotic spindles in early embryos; DNC-1 shares embryonic functions with DNC-2, DHC-1, LIS-1 and NUD-1; DNC-1 is located at cortical microtubule attachment sites.
50F47G9.1F47G9.1n/achrV 11,325,591contains similarity to Interpro domain IPR009038 (GOLD)