UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F52G3.1F52G3.10chrX 16,968,223contains similarity to Pfam domain PF07001 BAT2 N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR009738 (BAT2, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3chs-2F48A11.1n/achrII 207,689chs-2 encodes a putative chitin synthase, paralogous to CHS-1; CHS-2 is required for synthesis of chitin lining the inner pharyngeal surface (primarily in the buccal cavity and grinder), while CHS-1 is dispensable for pharyngeal chitin; CHS-2 is also required for normal pharyngeal shape and function, and for larval viability; chs-2(RNAi) animals have abnormally large, misshapen grinders, and arrest as early larvae; chs-2 is expressed by the glandular pharyngeal g1 and g2 cells, and by m3 and m4 myoepithelial cells; chs-2 is transcribed in short periods before each larval molt; the pharyngeal expression of chs-2 parallels gna-1; CHS-2 is predicted to be in the plasma membrane rather than the Golgi apparatus.
4F23C8.6F23C8.6n/achrI 2,421,287contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
5Y41E3.8Y41E3.8n/achrIV 15,028,708contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1; ENSEMBL:ENSP00000226796
6T07F8.2T07F8.2n/achrII 7,145,876contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
7lam-1W03F8.5n/achrIV 5,176,291lam-1 encodes a laminin beta that affects degenerin-induced cell death and is required redundantly with lam-2 for morphogenesis.
8D2045.9D2045.9n/achrIII 10,477,763contains similarity to Pfam domain PF01755 Glycosyltransferase family 25 (LPS biosynthesis protein) contains similarity to Interpro domains IPR002654 (Glycosyl transferase, family 25), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence)
9rab-6.2T25G12.4n/achrX 17,223,409rab-6.2 encodes a small, monomeric Rab GTPase that is most closely related to the Drosophila and mammalian Rab6 GTPases; by homology, RAB-6.2 is predicted to function in the regulation of intracellular membrane trafficking; RNAi experiments indicate that rab-6.2 is required redundantly with rab-6.1 for normal embryonic development and reproduction.
10T04F8.6T04F8.6n/achrX 11,669,654contains similarity to Interpro domain IPR011992 (EF-Hand type)
11pxd-1C36E8.3n/achrIII 4,008,029C. elegans PXD-1 protein ; contains similarity to Aedes aegypti Tumor endothelial marker 7.; TR:Q16R67
12W08F4.7W08F4.7n/achrII 576,333
13aha-1C25A1.11n/achrI 10,195,452aha-1 encodes an ortholog of human aryl-hydrocarbon receptor nuclear translocator; interacts with AHR-1 and HIF-1 in vitro, requires HIF-1 for proper localization, and is expressed ubiquitously.
14K12H4.4K12H4.4n/achrIII 8,045,336contains similarity to Pfam domain PF04573 Signal peptidase subunit contains similarity to Interpro domain IPR007653 (Signal peptidase 22 kDa subunit)
15F44D12.2F44D12.2n/achrIV 10,015,214contains similarity to Pfam domain PF01064 Activin types I and II receptor domain contains similarity to Interpro domain IPR000472 (TGF-beta receptor/activin receptor, type I/II)
16C14B9.3C14B9.3n/achrIII 8,109,908
17R03H10.7R03H10.7n/achrII 4,177,232contains similarity to Pfam domain PF01336 OB-fold nucleic acid binding domain contains similarity to Interpro domains IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR004365 (Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type)
18unc-108F53F10.4n/achrI 3,825,732unc-108 encodes a small GTPase homologous to the Rab GTPases that function in endocytosis, membrane fusion, and vesicular trafficking events.
19F08G12.1F08G12.1n/achrX 11,303,901contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
20lam-2C54D1.5n/achrX 7,147,481lam-2 encodes a laminin gamma subunit; lam-2 activity is required for embryonic development and for regulation of muscle arm extension; loss of lam-2 function via large-scale RNAi screens results in embryonic, larval, and adult lethality, sterility, body morphology defects, and abnormal locomotion.
21gsk-3Y18D10A.5n/achrI 12,821,999C. elegans GSK-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
22fce-1C04F12.10n/achrI 9,711,884fce-1 encodes an ortholog of 'farnesylated-proteins converting enzyme 1' (FACE-1), and thus probably enables post-translational processing of proteins (such as LET-60/RAS) carrying a C-terminal CaaX motif; FCE-1 protein probably accounts for the EDTA-sensitive, tosylphenylalanylchloromethane-insensitive component of CaaX-proteolytic activity in membrane extracts from C. elegans, and FCE-1 can cleave a farnesylated peptide in vitro; the S. cerevisiae homolog of FCE-1 (Ste24p) cleaves the precursor of yeast a-factor mating pheromone after its farnesylated cysteine residue, and transgenic FCE-1 rescues a mating defect of mutant yeast lacking both the Ste24p and the Rce1p CaaX-proteases.
23tag-335C42C1.5n/achrIV 12,277,039C. elegans TAG-335 protein; contains similarity to Pfam domains PF00132 (Bacterial transferase hexapeptide (three repeats)) (4), PF00483 (Nucleotidyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR001451 (Bacterial transferase hexapeptide repeat), IPR005835 (Nucleotidyl transferase), IPR011004 (Trimeric LpxA-like)
24T24D11.1T24D11.1n/achrX 16,409,674contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
25dpy-26C25G4.5n/achrIV 12,448,610dpy-26 encodes a novel, acidic protein that is highly conserved in other Caenorhabditis species; during development, dpy-26 activity is required for both dosage compensation and meiotic chromosome segregation; DPY-26 localizes to all meiotic chromosomes in the germline and to the hermaphrodite X chromosomes in somatic cells; SDC-1, SDC-2, and SDC-3 proteins form a complex and these three proteins, in turn, colocalize with DPY-26, DPY-27, and MIX-1 proteins both on the X chromosome and on a transgenic her-1(+) array.
26F39H12.1F39H12.1n/achrX 836,268contains similarity to Homo sapiens nuclear pore complex-associated protein TPR; ENSEMBL:ENSP00000356448
27R06A4.8R06A4.8n/achrII 14,354,036R06A4.8 is orthologous to the human gene GLYCOGEN DEBRANCHING ENZYME ISOFORM 6 (AGL; OMIM:232400), which when mutated leads to glycogen storage disease, type III.
28K03H4.1K03H4.1n/achrV 13,151,458contains similarity to Helicobacter pylori Transposase OrfB.; TR:Q93C83
29D1007.15D1007.15n/achrI 4,560,680contains similarity to Mus musculus Uncharacterized protein KIAA0195.; SW:Q7TSH8
30F20B4.3F20B4.3n/achrX 17,706,033
31kin-3B0205.7n/achrI 10,735,304kin-3 encodes an ortholog of the catalytic subunit of casein kinase II alpha, which in Drosophila and mammals is required for normal circadian rhythms, and which directly phosphorylates the Drosophila PERIOD protein (which itself regulates circadian rhythms); by analogy, KIN-3 might be expected to help regulate heterochronic functions dependent on such proteins as LIN-42.
32C35D10.12C35D10.12n/achrIII 4,873,622contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR011644 (Haem NO binding), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
33M04F3.4M04F3.4n/achrI 4,772,433contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR008080 (Parvalbumin), IPR003299 (Flagellar calcium-binding protein (calflagin))
34glt-6R05G6.6n/achrIV 7,505,011glt-6 encodes an ortholog of glutamate/aspartate and neutral amino acid transporters.
35xrn-2Y48B6A.3n/achrII 14,160,796C. elegans XRN-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03159 XRN 5'-3' exonuclease N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR017151 (5'-3' exoribonuclease 2), IPR004859 (Putative 5-3 exonuclease), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
36B0478.3B0478.3n/achrIV 6,964,202contains similarity to Interpro domains IPR013090 (Phospholipase A2, active site), IPR016090 (Phospholipase A2), IPR001211 (Phospholipase A2, eukaryotic)
37F16H11.1F16H11.1n/achrX 4,670,622contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
38rpm-1C01B7.6n/achrV 8,812,661rpm-1 encodes an E3 ubiquitin ligase that contains an N-terminal RCC1 (regulator of chromosome condensation)-like guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain and that is orthologous to Drosophila highwire and murine Phr1; RPM-1 functions autonomously within several different types of neurons to regulate presynaptic differentiation; in regulating axon termination, RPM-1 acts through the GLO-4 guanine nucleotide exchange factor that positively regulates vesicular trafficking through GLO-1/Rab; in regulating synaptogenesis, RPM-1 functions as part of an SCF-like ubiquitin ligase complex that negatively regulates signaling through the DLK-1 MAP kinase cascade; RPM-1 is expressed in most, if not all, neurons from the comma stage of embryogenesis through adulthood; RPM-1 expression is also seen in the pharynx, coelomocytes, and distal tip cells; in neurons, RPM-1 localizes to presynaptic terminals.
39T24B8.4T24B8.4n/achrII 9,067,183contains similarity to Pfam domain PF02205 WH2 motif contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003124 (Actin-binding WH2)
40srw-108R11G11.5n/achrV 528,386C. elegans SRW-108 protein ;
41F02D10.4F02D10.4n/achrX 13,458,404contains similarity to Emericella nidulans Anucleate primary sterigmata protein B.; SW:APSB_EMENI
42T12E12.6T12E12.6n/achrIV 5,570,564contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domains IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001930 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase)
43C30G12.4C30G12.4n/achrII 7,262,590contains similarity to Pfam domain PF02795 Domain of unknown function (DUF225) contains similarity to Interpro domain IPR004024 (Protein of unknown function DUF225)
44pat-4C29F9.7n/achrIII 92,134The pat-4 gene encodes a serine/threonine kinase orthologous to human integrin-linked kinase (ILK, OMIM:602366) and is required for formation of integrin-mediated muscle cell attachments during embryogenesis; PAT-4 probably functions as an adaptor molecule and localizes to dense bodies and M lines; PAT-4 forms a ternary complex with PAT-6/actopaxin and UNC-112, and requires UNC-112, UNC-52/perlecan, PAT-2/alpha integrin, and PAT-3/beta integrin for proper localization to newly forming integrin adhesion complexes.
45F11C1.1F11C1.1n/achrX 12,988,210contains similarity to Pfam domain PF06747 CHCH domain contains similarity to Interpro domain IPR010625 (CHCH)
46F38A1.8F38A1.8n/achrIV 1,236,362contains similarity to Pfam domains PF00448 (SRP54-type protein, GTPase domain) , PF02881 (SRP54-type protein, helical bundle domain) , PF04086 (Signal recognition particle, alpha subunit, N-terminal) contains similarity to Interpro domains IPR007222 (Signal recognition particle receptor, alpha subunit, N-terminal), IPR000897 (Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase), IPR011012 (Longin-like), IPR013822 (Signal recognition particle, SRP54 subunit, helical bundle), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
47E01G6.1E01G6.1n/achrX 12,263,633contains similarity to Pfam domains PF00027 (Cyclic nucleotide-binding domain) (2), PF01734 (Patatin-like phospholipase) contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR002641 (Patatin), IPR000595 (Cyclic nucleotide-binding), IPR001423 (Lysophospholipase patatin, conserved site), IPR014710 (RmlC-like jelly roll fold)
48nxf-1C15H11.3n/achrV 14,414,076nxf-1 encodes a homolog of human TAP protein, a member of the NXF family of shuttling transport receptors for nuclear export of mRNA; binds RNA directly and its function has been shown to be conserved with the NXF family.
49K10H10.1K10H10.1n/achrII 14,491,241contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
50T05F1.9T05F1.9n/achrI 9,646,642contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8ILP3