UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F54H12.6F54H12.65e-84chrIII 7,972,813contains similarity to Pfam domain PF00736 EF-1 guanine nucleotide exchange domain contains similarity to Interpro domains IPR014038 (Translation elongation factor EF1B, beta and delta chains, guanine nucleotide exchange), IPR001326 (Translation elongation factor EF1B, beta/delta chains, conserved site), IPR014717 (Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
4rps-30C26F1.4n/achrV 7,776,842rps-30 encodes two proteins, a small ribosomal subunit S30 protein and ubiquitin, which is cleaved from the ribosomal protein posttranslationally; by homology, S30 is predicted to function in protein biosynthesis and ubiquitin in protein degradation; in C. elegans, loss of rps-30 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities.
5rpl-30Y106G6H.3n/achrI 10,436,561rpl-30 encodes a large ribosomal subunit L30 protein; by homology, RPL-30 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, loss of rpl-30 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities.
6amx-2B0019.1n/achrI 12,762,264C. elegans AMX-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01593 Flavin containing amine oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR002937 (Amine oxidase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
7F44D12.9F44D12.9n/achrIV 10,020,215contains similarity to Pfam domain PF01733 Nucleoside transporter contains similarity to Interpro domains IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR002259 (Delayed-early response protein/equilibrative nucleoside transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
8Y48A6B.7Y48A6B.7n/achrIII 11,025,784contains similarity to Pfam domain PF00383 Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region contains similarity to Interpro domains IPR002125 (CMP/dCMP deaminase, zinc-binding), IPR016193 (Cytidine deaminase-like)
9F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
10F01D5.3F01D5.3n/achrII 13,999,536contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR001368 (TNFR/CD27/30/40/95 cysteine-rich region), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
11tag-314F15H10.4n/achrV 10,427,635C. elegans TAG-314 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
12rps-23F28D1.7n/achrIV 12,390,663rps-23 encodes a small ribosomal subunit S23 protein; by homology, RPS-23 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, RPS-23 activity is required for germline development, vulval morphogenesis, and the overall health of the animal.
13H34I24.1H34I24.1n/achrIII 2,847,797
14F35E12.10F35E12.10n/achrV 13,747,215contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
15ZK328.6ZK328.6n/achrIII 6,029,645contains similarity to Pfam domains PF02818 (PPAK motif) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
16ttr-31F58A3.5n/achrX 11,008,594C. elegans TTR-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domains IPR001534 (Transthyretin-like), IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site)
17fshr-1C50H2.1n/achrV 9,892,316fshr-1 encodes a putative neuropeptide receptor required for normal acetylcholine secretion by synapses; FSHR-1 is orthologous to human follicle-stimulating hormone receptor (OMIM:136435; mutated in ovarian dysgenesis), thyrotropin receptor (OMIM:603372; mutated in hyperthyroidism), and luteinizing hormone receptor (OMIM:152790, mutated in precocious puberty); fshr-1 mutants have abnormally many GFP::SNB-1 puncta at synapses, suggesting exocytotic defects; the requirement for FSHR-1 and ten other predicted neuropeptide signalling proteins in cholinergic neurotransmission indicates that such signalling is important for regulating acetylcholine release at neuromuscular junctions; possible ligands of FSHR-1 are FLP-1 and NLP-12.
18bre-3B0464.4n/achrIII 9,471,846bre-3 encodes a protein similar to beta-glycosyltransferases from bacteria that is required for the toxicity of Bacillus thuringiensis Cry5B; BRE-3 may act in a pathway with bre-5 and is expressed and functions in the gut epithelium.
19asg-2C53B7.4n/achrX 6,841,624asg-2 encodes a homolog of subunit G of the membrane-bound F0 proton channel portion of ATP synthase (mitochondrial respiratory chain [MRC] complex V); asg-2 activity is required for growth at a normally high rate and for normal osmoregulation; in addition, asg-2 activity is required for response to hermaphrodite contact, the first step in a series of stereotypical male mating behaviors; an ASG-2::GFP fusion localizes to mitochondria and to cilia of the male-specific CEM neurons.
20rpl-20E04A4.8n/achrIV 4,749,465rpl-20 encodes a large ribosomal subunit L18a protein.
21W09D10.1W09D10.1n/achrIII 10,738,396contains similarity to Pfam domain PF01412 Putative GTPase activating protein for Arf contains similarity to Interpro domain IPR001164 (Arf GTPase activating protein)
22acl-3ZK809.2n/achrIV 11,651,359acl-3 encodes a phosphate acyltransferase that is orthologous to human tafazzin (TAZ; OMIM:300394, mutated in Barth syndrome); by homology, ACL-3 is predicted to be a mitochondrial protein that plays a role in phospholipid metabolism, although loss of acl-3 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious defects.
23F55A3.6F55A3.6n/achrI 10,784,384contains similarity to Pfam domain PF00334 Nucleoside diphosphate kinase contains similarity to Interpro domain IPR001564 (Nucleoside diphosphate kinase, core)
24C44C8.3C44C8.3n/achrIV 896,078This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
25nhr-106T01G6.4n/achrV 490,539nhr-106 encodes a nuclear receptor that is most highly conserved amongst nematode species.
26C26B2.1C26B2.1n/achrIV 8,018,964contains similarity to Pfam domain PF05502 Dynactin p62 family contains similarity to Interpro domain IPR008603 (Dynactin p62)
27tag-290F35B12.6n/achrV 11,614,053C. elegans TAG-290 protein; contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
28K08E4.6K08E4.6n/achrIV 12,077,637contains similarity to Pfam domain PF01105 emp24/gp25L/p24 family/GOLD contains similarity to Interpro domains IPR009038 (GOLD), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
29T11G6.3T11G6.3n/achrIV 10,853,967contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
30mdh-1F20H11.3n/achrIII 6,607,404mdh-1 encodes a homolog of malate dehydrogenase that is predicted to be mitochondrial.
31cyp-35B1K07C6.4n/achrV 3,940,140C. elegans CYP-35B1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
32srv-31T13A10.9n/achrIV 6,270,882C. elegans SRV-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR001209 (Ribosomal protein S14), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
33srm-2T28H11.3n/achrIV 5,009,723C. elegans SRM-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34W06H3.3W06H3.3n/achrV 16,798,543contains similarity to Pfam domains PF00117 (Glutamine amidotransferase class-I) , PF06418 (CTP synthase N-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR000630 (Ribosomal protein S8), IPR017456 (CTP synthase, N-terminal), IPR000991 (Glutamine amidotransferase class-I, C-terminal), IPR004468 (CTP synthase), IPR012998 (Glutamine amidotransferase, class I, active site)
35sfxn-1.5T04F8.1n/achrX 11,660,570C. elegans SFXN-1.5 protein; contains similarity to Pfam domain PF03820 Tricarboxylate carrier contains similarity to Interpro domain IPR004686 (Tricarboxylate/iron carrier)
36rpl-6R151.3n/achrIII 7,209,034rpl-6 encodes a large ribosomal subunit L6 protein.
37rpl-37C54C6.1n/achrIII 3,528,763rpl-37 encodes a large ribosomal subunit L37 protein.
38R09F10.1R09F10.1n/achrX 8,324,257contains similarity to Pfam domains PF08246 (Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29)) , PF00112 (Papain family cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR013201 (Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
39T20B12.4T20B12.4n/achrIII 7,368,549T20B12.4 is orthologous to the human gene INTERLEUKIN 2 RECEPTOR, GAMMA (SEVERE COMBINED IMMUNODEFICIENCY) (IL2RG; OMIM:308380), which when mutated leads to disease.
40C16C10.2C16C10.2n/achrIII 4,178,135contains similarity to Pfam domain PF03998 Utp11 protein contains similarity to Interpro domain IPR007144 (Small-subunit processome, Utp11)
41ZK370.8ZK370.8n/achrIII 8,753,333contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
42C13C4.5C13C4.5n/achrV 12,116,190contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
43C26E1.2C26E1.2n/achrV 13,306,168contains similarity to Interpro domain IPR000169 (Eukaryotic thiol (cysteine) protease)
44ifd-2F25E2.4n/achrX 814,890ifd-2 encodes a nonessential intermediate filament protein; IFD-2 is predicted to function as a structural component of the cytoskeleton; IFD-2 has no obvious function in RNAi assays.
45C29F4.2C29F4.2n/achrIV 11,228,390contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
46tag-77C28C12.10n/achrIV 8,506,971C. elegans TAG-77 protein; contains similarity to Pfam domains PF00169 (PH domain) , PF01363 (FYVE zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR000219 (Dbl homology (DH) domain), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR017455 (Zinc finger, FYVE-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
47srh-264T06E6.8n/achrV 15,414,724C. elegans SRH-264 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48F53B6.5F53B6.5n/achrI 8,950,742contains similarity to Pfam domain PF00557 metallopeptidase family M24 contains similarity to Interpro domains IPR000994 (Peptidase M24, catalytic core), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding)
49C15H11.9C15H11.9n/achrV 14,424,428contains similarity to Pfam domain PF04939 Ribosome biogenesis regulatory protein (RRS1) contains similarity to Interpro domain IPR007023 (Ribosomal biogenesis regulatory protein)
50ari-1C27A12.8n/achrI 6,059,904C. elegans ARI-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01485 IBR domain contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)