UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1srw-95H06H21.20chrIV 4,813,069C. elegans SRW-95 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
2W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
3tag-175D2013.10n/achrII 9,324,253tag-175 encodes an ortholog of human TMEM41B, whose protein family is ancient (conserved in both animals and plants) but functionally uncharacterized; TAG-175 is broadly expressed (in hypodermis, muscle, neurons, intestine, spermetheca, and vulva); TAG-175 has no known function in vivo, since neither tag-175(RNAi) nor tag-175(gk278) has obvious phenotypes.
4R03C1.1R03C1.1n/achrII 14,908,902contains similarity to Homo sapiens Mucin-5AC precursor (Fragment); ENSEMBL:ENSP00000351148
5T05F1.9T05F1.9n/achrI 9,646,642contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8ILP3
6C25A1.4C25A1.4n/achrI 10,171,209contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
7rnp-2K08D10.4n/achrIV 4,173,038rnp-2 encodes the small nuclear ribonucleoprotein (snRNP)-associated protein RNP-2/U1A, which associates with U1 snRNPs; rnp-2 is coexpressed with rnp-3, dnj-15, and K08D10.12 in an operon; RNP-2 and RNP-3 are paralogs with ~50% identity that are more closely related to one another than to non-nematode orthologs; despite their association with distinct snRNPs, RNP-2 and RNP-3 are functionally interchangeable in vivo; either rnp-2(RNAi) or rnp-3(ok1424) animals are viable, with only rpn-2(RNAi) rpn-3(ok1424) animals showing lethality; moreover, RNAi against only RNP-3 causes RNP-2 to associate with RNP-3's normal U2 snRNP partners.
8bbs-2F20D12.3n/achrIV 7,935,876bbs-2 is orthologous to human BBS2 (OMIM:606151, mutated in Bardet-Biedl syndrome 2); while the function of BBS-2 is unknown, it shares conserved domains with its human paralogs BBS1 and BBS7, which also are mutated in other Bardet-Biedl syndromes.
9C15B12.1C15B12.1n/achrX 6,477,878contains similarity to Pfam domain PF01266 FAD dependent oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
10F16H11.1F16H11.1n/achrX 4,670,622contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
11F39E9.7F39E9.7n/achrII 3,306,570contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
12ZK1321.1ZK1321.1n/achrII 9,754,525contains similarity to Sulfolobus sp NOB8H2 Hypothetical protein.; TR:O93705
13W10G11.17W10G11.17n/achrII 3,564,777
14F59E11.2F59E11.2n/achrV 9,002,297contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
15W02B3.6W02B3.6n/achrIII 690,542contains similarity to Pfam domain PF01744 GLTT repeat (6 copies) contains similarity to Interpro domain IPR008164 (Repeat of unknown function XGLTT)
16F21G4.6F21G4.6n/achrX 9,913,063F21G4.6 is orthologous to the human gene HUNTINGTIN (HD; OMIM:143100), which when mutated leads to disease.
17gsk-3Y18D10A.5n/achrI 12,821,999C. elegans GSK-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
18F11C1.1F11C1.1n/achrX 12,988,210contains similarity to Pfam domain PF06747 CHCH domain contains similarity to Interpro domain IPR010625 (CHCH)
19xrn-2Y48B6A.3n/achrII 14,160,796C. elegans XRN-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03159 XRN 5'-3' exonuclease N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR017151 (5'-3' exoribonuclease 2), IPR004859 (Putative 5-3 exonuclease), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
20T07F8.2T07F8.2n/achrII 7,145,876contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
21rga-2Y53C10A.4n/achrI 11,982,522C. elegans RGA-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00620 RhoGAP domain contains similarity to Interpro domains IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR006564 (Zinc finger, PMZ-type), IPR000198 (RhoGAP)
22ZC513.7ZC513.7n/achrV 8,039,921C. elegans probable non-coding RNA
23C01F1.1C01F1.1n/achrII 4,303,435contains similarity to Pfam domain PF05793 Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) contains similarity to Interpro domains IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR008851 (Transcription initiation factor IIF, alpha subunit), IPR011039 (Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction)
24dpy-26C25G4.5n/achrIV 12,448,610dpy-26 encodes a novel, acidic protein that is highly conserved in other Caenorhabditis species; during development, dpy-26 activity is required for both dosage compensation and meiotic chromosome segregation; DPY-26 localizes to all meiotic chromosomes in the germline and to the hermaphrodite X chromosomes in somatic cells; SDC-1, SDC-2, and SDC-3 proteins form a complex and these three proteins, in turn, colocalize with DPY-26, DPY-27, and MIX-1 proteins both on the X chromosome and on a transgenic her-1(+) array.
25Y8A9A.3Y8A9A.3n/achrII 3,791,812contains similarity to Interpro domain IPR009071 (High mobility group box, HMG)
26M05B5.2M05B5.2n/achrI 7,173,298contains similarity to Mus musculus Hypothetical protein.; TR:Q8BQG5
27kel-1C47D12.7n/achrII 11,692,402kel-1 encodes a BTB/POZ- and Kelch motif-containing protein orthologous to Drosophila Kelch, which is essential for actin organization in ovarian ring canals; in C. elegans, kel-1 is required for regulating feeding during larval development and more specifically, for pharyngeal isthmus peristalsis and efficient trapping of food in the pharynx; KEL-1 is first expressed at the 1.5-fold stage of embryogenesis in the pharyngeal lumen and the nerve ring; later adult and larval expression is confined to the pharyngeal gland cells in which KEL-1 may be required for maintenance of gland cell-specific structures.
28cdd-1C47D2.2n/achrX 8,209,904cdd-1 encodes a cytidine deaminase that contains a zinc-binding region; expressed in the intestine.
29ife-4C05D9.5n/achrX 1,105,125The ife-4 gene encodes a member of the Initiation Factor 4E (eIF4E) family.
30mdt-29K08E3.8n/achrIII 13,776,056mdt-29 encodes a putative mediator subunit with a prion-like (asparagine- or glutamine-rich) domain; note that K08E3.8 is allegedly an ortholog of Drosophila INTERSEX/IX, but the actual C. elegans IX ortholog appears to be PQN-15); in yeast two-hybrid screens, MDT-29 interacts with SEL-7 and SEL-8; MDT-29 protein also self-associates; RNAi of K08E3.8 weakly enhances the two-anchor-cell phenotype of lin-12(ar170), roughly as much as sel-7 RNAi; since SEL-7 is a novel nuclear protein, MDT-29/SEL-7/SEL-8 is likely to form a nuclear complex formed in response to LIN-12 activation.
31pat-4C29F9.7n/achrIII 92,134The pat-4 gene encodes a serine/threonine kinase orthologous to human integrin-linked kinase (ILK, OMIM:602366) and is required for formation of integrin-mediated muscle cell attachments during embryogenesis; PAT-4 probably functions as an adaptor molecule and localizes to dense bodies and M lines; PAT-4 forms a ternary complex with PAT-6/actopaxin and UNC-112, and requires UNC-112, UNC-52/perlecan, PAT-2/alpha integrin, and PAT-3/beta integrin for proper localization to newly forming integrin adhesion complexes.
32cyp-33E2F42A9.5n/achrIV 8,613,501C. elegans CYP-33E2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
33ZK632.7ZK632.7n/achrIII 9,821,105contains similarity to Interpro domain IPR011009 (Protein kinase-like)
34F26E4.12F26E4.12n/achrI 9,780,834contains similarity to Pfam domain PF00255 Glutathione peroxidase contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000889 (Glutathione peroxidase)
35ckb-2B0285.9n/achrIII 4,368,967ckb-2 encodes an isoform of choline kinase whose activity has been verified in vitro; CKB-1 through CKB-4 comprise a related group ('B') of choline kinases; purified CKB-2 has a strong preference for choline over ethanolamine, a specific activity of 2.4 micromol/min/mg protein and a pH optimum near 10.
36H25P06.1H25P06.1n/achrI 11,317,448contains similarity to Pfam domains PF00349 (Hexokinase) , PF03727 (Hexokinase) contains similarity to Interpro domain IPR001312 (Hexokinase)
37cdr-3C54D10.2n/achrV 12,416,844C. elegans CDR-3 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
38Y45F10D.7Y45F10D.7n/achrIV 13,792,547Y45F10D.7 encodes a WD40 repeat-containing protein that is the C. elegans ortholog of human WDR36, mutations in which cause primary open angle glaucoma type 1G (GLC1G, OMIM:609887); large-scale RNAi experiments indicate that Y45F10D.7 activity is required for embryonic and larval development; the Saccharomyces cerevisiae homolog of WDR36, Utp21, is a component of the small-subunit (SSU) processome required for formation of 18S rRNA.
39dep-1F44G4.8n/achrII 9,012,700dep-1 encodes a class III receptor protein tyrosine phosphatase (R-PTP) orthologous to human R-PTPs such as PTPRJ/Dep-1 (mutated in epithelial cancers; OMIM:600925); DEP-1 is required, redundantly with LIP-1 and LET-60, and downstream of LIN-12, to promote secondary over primary vulval fate in the P5.p and P7.p lineages; DEP-1 is expressed in P5.p and P7.p lineages, and dep-1 acts cell-autonomously in these lineages; DEP-1 colocalizes with LET-23 in punctae, and binds LET-23 in vitro; DEP-1, with LIP-1, is also required for normal duct cell and excretory pore development; dep-1 mutations are wild-type in isolation, but have vulval phenotypes with added mutations in lin-15, lip-1, or let-60; DEP-1 laterally inhibits secondary vulval fates in parallel with LIN-12/Notch signalling; in primary (P5.p) vulval cells, LET-60/RAS-activated SUR-2 inhibits dep-1 and lin-12 expression; since RNAi of 125 out of 165 predicted C. elegans protein phosphatase genes fails to enhance lip-1 mutations, the LIP-1/DEP-1 interaction is likely to be highly specific.
40T24D11.1T24D11.1n/achrX 16,409,674contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
41dnc-1ZK593.5n/achrIV 10,929,896DNC-1 encodes a dynactin, orthologous to Drosophila GLUED, that is required for pronuclear migration and centrosome separation in one-cell embryos and for the correct alignment of mitotic spindles in early embryos; DNC-1 shares embryonic functions with DNC-2, DHC-1, LIS-1 and NUD-1; DNC-1 is located at cortical microtubule attachment sites.
42gpn-1F59D12.4n/achrX 15,684,484gpn-1 encodes a glypican, a heparan sulfate proteoglycan anchored to the cell membrane by a GPI linkage, that is orthologous to Drosophila Dally-like (Dlp) and mammalian glypicans (OMIM:312870, mutated in Simpson-Golabi-Behmel overgrowth syndrome); by homology, GPN-1 is predicted to function as a cell surface protein that regulates intercellular signaling, perhaps within the context of cell division and growth regulation; however, as loss of gpn-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of GPN-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
43K02B7.1K02B7.1n/achrII 14,689,509contains similarity to Pfam domains PF00628 (PHD-finger) (2), PF00439 (Bromodomain) contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR001487 (Bromodomain), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
44dmd-5F10C1.5n/achrII 5,773,110C. elegans DMD-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00751 DM DNA binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001275 (DM DNA-binding)
45nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
46F36F12.7F36F12.7n/achrV 2,099,700
47col-105F58F6.2n/achrIV 1,358,519C. elegans COL-105 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
48K04G2.4K04G2.4n/achrI 8,036,493contains similarity to Tetrahymena thermophila Histone H1.; SW:H1_TETTH
49lagr-1Y6B3B.10n/achrI 13,728,317C. elegans LAGR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF03798 Longevity-assurance protein (LAG1) contains similarity to Interpro domains IPR016439 (Longevity assurance proteins LAG1/LAC1), IPR005547 (Longevity-assurance protein (LAG1)), IPR006634 (TRAM, LAG1 and CLN8 homology)
50W08F4.7W08F4.7n/achrII 576,333