UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K12D9.12K12D9.120chrV 3,021,212contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
2bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
3T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
4F47B8.5F47B8.5n/achrV 14,326,311contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domains IPR002485 (Protein of unknown function DUF13), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000976 (Wilm's tumour protein), IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
5F46G11.2F46G11.2n/achrX 5,789,196
6F46H5.5F46H5.5n/achrX 7,256,401
7sra-37T21H8.2n/achrX 13,892,086C. elegans SRA-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
8W06D4.4W06D4.4n/achrI 9,061,846contains similarity to Interpro domain IPR014644 (Protein arginine N-methyltransferase)
9lact-2ZK945.1n/achrII 10,096,751lact-2 encodes a beta-lactamase domain-containing protein that contains a predicted transmembrane domain in its N terminus.
10cpr-3T10H4.12n/achrV 15,297,739C. elegans CPR-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
11ulp-1T10F2.3n/achrIII 5,167,689C. elegans ULP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
12C13G5.2C13G5.2n/achrIII 8,617,549contains similarity to Interpro domain IPR001680 (WD40 repeat)
13hdl-1ZK829.2n/achrIV 11,947,905C. elegans HDL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00282 Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain contains similarity to Interpro domains IPR002129 (Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase), IPR010977 (Aromatic-L-amino-acid decarboxylase), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
14W01B6.6W01B6.6n/achrIV 10,081,890contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase)
15ZC443.1ZC443.1n/achrV 12,809,256contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
16sms-2F53H8.4n/achrX 946,855C. elegans SMS-2 protein ; contains similarity to Aedes aegypti Spingomyelin synthetase.; TR:Q17C34
17M176.8M176.8n/achrII 9,437,409contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
18C14C6.8C14C6.8n/achrV 552,129contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
19C32B5.12C32B5.12n/achrII 952,421
20Y57G11C.20Y57G11C.20n/achrIV 14,844,297contains similarity to Interpro domain IPR000003 ()
21R13H4.6R13H4.6n/achrV 11,864,309contains similarity to Archaeoglobus fulgidus Putative protease La homolog type (EC 3.4.21.-).; SW:O29883
22str-232T10C6.1n/achrV 16,015,103C. elegans STR-232 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
23srx-84F35B12.1n/achrV 11,599,872C. elegans SRX-84 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
24srd-4ZK863.5n/achrV 12,185,574C. elegans SRD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
25ncx-8C13D9.7n/achrV 4,985,459ncx-8 encodes a putative Na[+]/Ca[2+] exchanger of uncertain stoichiometry and affinity, orthologous to human SLC24A6 and paralogous to NCX-6/-7 and NCX-9/-10; NCX-8 may function intracellularly; NCX-8 has tandem Calx-alpha domains predicted to carry out ion transport; NCX-8 is required for normally high levels of body fat.
26T12B3.3T12B3.3n/achrIV 7,375,883contains similarity to Pfam domain PF03009 Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family contains similarity to Interpro domain IPR004129 (Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)
27T04A11.1T04A11.1n/achrIV 12,476,146contains similarity to Pfam domain PF02567 Phenazine biosynthesis-like protein contains similarity to Interpro domain IPR003719 (Phenazine biosynthesis PhzC/PhzF protein)
28ric-3T14A8.1n/achrIV 7,819,689The ric-3 gene encodes a novel, highly charged protein with two transmembrane domains and extensive coiled-coil domains; it is necessary for the function of at least four nicotinic acetylcholine receptors; specifically, it is needed for assembly or trafficking of the DEG-3 nicotinic acetylcholine receptor.
29C04E6.4C04E6.4n/achrV 5,908,497
30cyp-33C4F44C8.1n/achrV 2,237,058C. elegans CYP-33C4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
31nnt-1C15H9.1n/achrX 6,124,888nnt-1 encodes a proton-pumping nicotinamide nucleotide transhydrogenase predicted to be mitochondrial.
32nekl-2ZC581.1n/achrI 6,664,152nekl-2 encodes a putative serine/threonine protein kinase orthologous to Aspergillus nidulans nimA and human NEK8 (OMIM:609799), and paralogous to C. elegans D1044.3, D1044.8, F19H6.1, and Y39G10AR.3; nekl-2 interacts with two or more components of the EGF/RAS signalling pathway, and is required for such signalling in vulval development.
33fat-5W06D12.3n/achrV 17,725,852fat-5 encodes a delta-9 fatty acid desaturase that is predicted to be mitochondrial; when expressed heterologously in S. cerevisiae, FAT-5 rescues the fatty acid auxotrophy of the yeast delta-9 desaturase mutant ole1.
34ZK673.3ZK673.3n/achrII 10,451,229ZK673.3 encodes a protein with a THAP or THAP-like domain required for embryonic development; other proteins with THAP or THAP-like domains include LIN-15A, LIN-15B, LIN-36, and HIM-17 (which all interact with LIN-35/Rb), as well as CDC-14B, CTB-1, GON-14, and ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1.
35ech-5F56B3.5n/achrIV 798,439C. elegans ECH-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00378 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family contains similarity to Interpro domain IPR001753 (Crotonase, core)
36old-2ZK938.5n/achrII 9,848,462old-2 encodes a transmembrane protein tyrosine kinase (also known as 'kin-28') that affects mean and maximum life span with multiple paralogs in C. elegans; the expression of old-2 was experimentally verified by RT-PCR.
37let-502C10H11.9n/achrI 4,741,246let-502 encodes a Rho-binding Ser/Thr kinase orthologous to human myotonic dystrophy kinase (DM-kinase); let-502 is required for early embryonic cleavages, embryonic elongation, migration of hypodermal P cells to a ventral position, normal spermathecal contraction, and fertility; LET-502 is required for hypodermal cells to properly change their shape, and is expressed in those cells, during embryonic elongation; let-502 mutations are suppressed by mel-11 mutations, and the pattern of LET-502 expression in the embryonic epidermis and the spermatheca is opposite to that of MEL-11, indicating that LET-502 and MEL-11 have opposing functions (presumably tissue contraction and relaxation); MEL-11 requires LET-502 (along with the nonmuscle myosin NMY-1) for proper localization.
38srw-33T26H5.5n/achrV 15,450,551C. elegans SRW-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
39Y52B11B.1Y52B11B.1n/achrI 11,123,920contains similarity to Lactococcus lactis FhuD-like protein.; TR:Q8VU74
40F54C9.3F54C9.3n/achrII 8,566,635contains similarity to Homo sapiens BA424I5.1; TR:Q9H4Q7
41C41G6.6C41G6.60.0000000000002chrV 15,222,374contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
42C18D4.4C18D4.4n/achrV 17,530,973contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
43tyr-1C02C2.1n/achrIII 7,875,371C02C2.1 encodes a tyrosinase homolog with a glutamine/asparagine-rich domain.
44C06A5.6C06A5.6n/achrI 5,984,551
45thn-1F28D1.3n/achrIV 12,380,448C. elegans THN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00314 Thaumatin family contains similarity to Interpro domain IPR001938 (Thaumatin, pathogenesis-related)
46R06B9.1R06B9.1n/achrII 13,764,398contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR000698 (Arrestin), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
47nhr-106T01G6.4n/achrV 490,539nhr-106 encodes a nuclear receptor that is most highly conserved amongst nematode species.
48W04A4.5W04A4.5n/achrI 13,669,210contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
49flp-10T06C10.4n/achrIV 7,869,261flp-10 encodes a FMRFamide-related neuropeptide; in males, flp-10 activity is required for a sensory transduction pathway that negatively regulates the frequency of certain substeps of turning behavior during mating; a flp-10::gfp reporter is expressed in a number of neurons including AIM, ASI, AUA, BAG, BDU, DVB, PQR, PVR, and URX, and in the vulD cells.
50K12B6.8K12B6.8n/achrV 6,310,389contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)