UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T05A8.6T05A8.62e-83chrII 2,739,156contains similarity to Xenopus laevis Integumentary mucin C.1 (FIM-C.1) (Fragment).; SW:Q05049
2Y17D7B.5Y17D7B.5n/achrV 18,775,675contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
3F57G8.7F57G8.7n/achrV 16,329,811contains similarity to Antarctic bacterium str 643 Metalloproteinase precursor.; TR:Q9KH34
4F54D12.4F54D12.4n/achrII 1,368,200
5nhr-185F47C10.1n/achrV 3,845,862C. elegans NHR-185 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
6F10D2.8F10D2.8n/achrV 7,150,438contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
7T22B2.5T22B2.5n/achrX 3,910,583
8ncx-6C07A9.4n/achrIII 9,712,021ncx-6 encodes a putative Na[+]/Ca[2+] exchanger of uncertain stoichiometry and affinity, orthologous to human SLC24A6 and paralogous to NCX-7/-10; NCX-6 may function intracellularly; NCX-6 has tandem Calx-alpha domains predicted to carry out ion transport; NCX-6 has no obvious function in mass RNAi assays.
9C50F4.14C50F4.14n/achrV 9,548,707The C50F4.14 gene encodes a putative GDP-fucose transporter orthologous to the human GDP-FUCOSE TRANSPORTER 1 gene (LAD II; OMIM:605881), which when mutated leads to congenital disorder of glycosylation, type IIc.
10lips-3F10F2.3n/achrIII 4,617,677C. elegans LIPS-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
11srx-3R03H4.3n/achrV 9,006,212C. elegans SRX-3 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
12C41D11.4C41D11.4n/achrI 4,442,876
13tag-348T04H1.1n/achrV 12,237,724C. elegans TAG-348 protein; contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
14F41C6.2F41C6.2n/achrX 6,870,966
15C25G6.1C25G6.1n/achrX 1,271,143contains similarity to Pfam domain PF03803 Scramblase contains similarity to Interpro domain IPR005552 (Scramblase)
16Y51A2A.5Y51A2A.5n/achrV 18,299,724contains similarity to Saccharomyces cerevisiae transcription factor tau (TFIIIC) subunit 95; SGD:YBR123C
17T16H12.2T16H12.2n/achrIII 10,086,574contains similarity to Mus musculus 2310010I16Rik protein.; TR:Q9CWH8
18nhr-256ZK697.2n/achrV 1,745,848C. elegans NHR-256 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
19C50E3.2C50E3.2n/achrV 7,610,647contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
20C47E12.2C47E12.2n/achrIV 10,002,723contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
21srz-74K03D3.1n/achrIV 16,330,219C. elegans SRZ-74 protein ;
22W08F4.10W08F4.10n/achrII 590,892contains similarity to Interpro domain IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site)
23F20G4.2F20G4.2n/achrI 7,914,259contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Helicase encoded by the Y' element of subtelomeric regions, highly expressed in the mutants lacking the telomerase component TLC1; potentially phosphorylated by Cdc28p; SGD:YER190W
24srh-165C41G6.9n/achrV 15,220,637C. elegans SRH-165 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25clec-165F38A1.10n/achrIV 1,246,135C. elegans CLEC-165 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001680 (WD40 repeat), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
26fbxa-95F28F8.4n/achrV 15,572,053This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
27gst-44F13A7.10n/achrV 16,391,643gst-44 encodes a putative omega-class glutathione transferase (GST; EC 2.5.1.18) which, like its paralog GSTO-1, might have thiol oxidoreductase and dehydroascorbate reductase activity; GST-44 is expressed in excretory cell cytoplasm; other GST-44 paralogs include C02D5.3 and K10F12.4; GST-44 has no obvious function in mass RNAi assays.
28gpa-11C16A11.1n/achrII 4,254,160gpa-11 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in ADL and ASH amphid neurons.
29F49H6.8F49H6.8n/achrV 17,022,485contains similarity to Rattus norvegicus Transcription factor 8 (Zinc finger homeodomain enhancer-bindingsprotein) (Zfhep).; SW:TCF8_RAT
30R10H10.6R10H10.6n/achrIV 10,409,131contains similarity to Pfam domain PF01687 Riboflavin kinase contains similarity to Interpro domain IPR015865 (Riboflavin kinase)
31C29F9.8C29F9.8n/achrIII 96,559
32gad-1T05H4.14n/achrV 6,432,396The gad-1 gene encodes a WD repeat-containing protein that is required maternally for gastrulation initiation during early embryogenesis by regulating the division timing, spindle orientation, and subsequent inward migration of the two gut precusor (E) cells at the 26-cell stage.
33F19G12.3F19G12.3n/achrX 1,425,941contains similarity to Pfam domain PF02170 PAZ domain contains similarity to Interpro domain IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ)
34aqp-7M02F4.8n/achrX 3,026,113aqp-7 encodes an aquaglyceroporin whose expression in Xenopus oocytes increases either water or glycerol permeability five- to seven-fold; AQP-7 has no function in mass RNAi assays, perhaps reflecting genetic redundancy with its several paralogs; AQP-7 is expressed in muscle punctae (perhaps focal adhesions).
35cdc-48.3K04G2.3n/achrI 8,034,273C. elegans CDC-48.3 protein; contains similarity to Pfam domains PF07726 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF07728 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR011704 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-5), IPR011703 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-3), IPR003960 (AAA ATPase, conserved site), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
36Y32B12C.1Y32B12C.1n/achrV 16,607,269contains similarity to Interpro domain IPR002625 (Smr protein/MutS2 C-terminal)
37taf-9T12D8.7n/achrIII 13,624,992C. elegans TAF-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF02291 Transcription initiation factor IID, 31kD subunit contains similarity to Interpro domains IPR003162 (Transcription factor TAFII-31), IPR009072 (Histone-fold)
38srbc-61F08E10.2n/achrV 17,477,416C. elegans SRBC-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
39F28F8.7F28F8.7n/achrV 15,579,943contains similarity to Pfam domain PF01448 ELM2 domain contains similarity to Interpro domain IPR000949 (ELM2)
40Y39A1A.2Y39A1A.2n/achrIII 10,602,626contains similarity to Oryza sativa Hypothetical protein.; TR:Q9LH25
41F01F1.13F01F1.13n/achrIII 5,877,744contains similarity to Pfam domain PF00090 Thrombospondin type 1 domain contains similarity to Interpro domains IPR008085 (Thrombospondin, subtype 1), IPR000884 (Thrombospondin, type I)
42ZK218.1ZK218.1n/achrV 17,092,954contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
43puf-4M4.2n/achrIV 3,207,566C. elegans PUF-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
44srh-97F49H6.4n/achrV 17,018,412C. elegans SRH-97 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45EEED8.4EEED8.4n/achrII 5,410,795contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
46B0432.9B0432.9n/achrII 283,160contains similarity to Pfam domain PF00753 Metallo-beta-lactamase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR001279 (Beta-lactamase-like)
47csb-1F53H4.1n/achrX 15,863,557csb-1 is orthologous to human gene ERCC6 (OMIM:133530, mutated in Cockayne syndrome); CSB-1 is required for embryonic viability, and represses UV-induced apoptosis in germ cells.
48set-13K12H6.11n/achrII 2,818,048set-13 encodes a SET domain-containing protein; SET-13 has no non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-6, SET-15, SET-19, SET-20, SET-21, and SET-32); neither set-13(n5012) nor set-13(RNAi) have any obvious phenotypes.
49snf-6M01G5.5n/achrIII 1,526,486snf-6 encodes a member of the sodium:neurotransmitter symporter family.
50F55E10.1F55E10.1n/achrX 8,342,071