UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1col-55T05E7.27.000000000000001e-54chrI 6,199,669C. elegans COL-55 protein; contains similarity to Pfam domain PF01484 Nematode cuticle collagen N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal)
2egg-1B0244.8n/achrIII 5,729,120C. elegans EGG-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00057 Low-density lipoprotein receptor domain class A contains similarity to Interpro domain IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
3Y6E2A.4Y6E2A.4n/achrV 15,713,920contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
4W02D7.8W02D7.8n/achrV 8,305,769
5W08A12.4W08A12.4n/achrV 3,675,610contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_94, whole genome shotgun sequence.; TR:A0EFX6
6T14B4.8T14B4.8n/achrII 6,720,967
7F58H7.7F58H7.7n/achrIV 911,281This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
8spp-20K04A8.8n/achrV 6,557,433C. elegans SPP-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF05184 Saposin-like type B, region 1 contains similarity to Interpro domains IPR011001 (Saposin-like), IPR007856 (Saposin-like type B, 1), IPR008139 (Saposin B)
9ttr-5C40H1.5n/achrIII 9,330,525C40H1.5 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; the product of C40H1.5 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known.
10C12D5.3C12D5.3n/achrV 7,676,566contains similarity to Interpro domain IPR002194 (Chaperonin TCP-1, conserved site)
11ugt-18ZC443.5n/achrV 12,821,489C. elegans UGT-18 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
12nlp-7F18E9.2n/achrX 8,593,444C. elegans NLP-7 protein ;
13F26D11.6F26D11.6n/achrV 7,955,880
14W03F11.1W03F11.1n/achrI 2,220,892W03F11.1 encodes a protein with three chitin-binding peritrophin-A domains; like CEJ-1 and CPG-2, W03F11.1 may participate in eggshell synthesis and early embryonic development; W03F11.1 is required for fertility in mass RNAi assays; W03F11.1's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
15C07D10.1C07D10.1n/achrII 7,399,714contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
16fbxa-162C08E3.5n/achrII 1,608,500This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
17clec-15T07D10.4n/achrI 12,631,859C. elegans CLEC-15 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
18F53F4.4F53F4.4n/achrV 13,596,162contains similarity to Candida albicans Chitinase 3 precursor (EC 3.2.1.14).; SW:CHI3_CANAL
19srbc-20C45H4.11n/achrV 2,147,858C. elegans SRBC-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
20col-37ZK863.20.004chrV 12,167,206col-37 encodes a cuticle collagen.
21W07B8.4W07B8.4n/achrV 1,131,011contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
22D1022.3D1022.3n/achrII 7,455,664contains similarity to Pfam domain PF01738 Dienelactone hydrolase family contains similarity to Interpro domain IPR002925 (Dienelactone hydrolase)
23sod-4F55H2.1n/achrIII 9,499,079C. elegans SOD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00080 Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) contains similarity to Interpro domain IPR001424 (Superoxide dismutase, copper/zinc binding)
24F19F10.3F19F10.3n/achrV 7,552,413
25R08H2.8R08H2.8n/achrV 15,371,455contains similarity to Mycoplasma penetrans Conserved hypothetical protein.; TR:Q8EV71
26F48G7.2F48G7.2n/achrV 637,034
27R09D1.1R09D1.1n/achrII 9,442,815contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
28cyp-13A7T10B9.10n/achrII 9,804,455cyp-13A7 encodes a homolog of cytochrome P450 proteins; these proteins are membrane proteins with a heme prosthetic group that catalyse the synthesis of steroid hormones (and bile salts), and also detoxify foreign substances (xenobiotic compounds).
29C25G4.2C25G4.2n/achrIV 12,443,605contains similarity to Pfam domain PF03959 Serine hydrolase (FSH1) contains similarity to Interpro domain IPR005645 (Protein of unknown function DUF341)
30C43F9.4C43F9.4n/achrIV 10,588,322
31Y38H6C.19Y38H6C.19n/achrV 20,548,064contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
32fbxa-69F54B8.3n/achrV 15,815,021This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
33C13G3.1C13G3.1n/achrV 11,012,002contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein.; TR:Q9LYL8
34srd-32T19H12.5n/achrV 4,867,995C. elegans SRD-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5)
35C32D5.1C32D5.1n/achrII 6,344,783
36Y6E2A.5Y6E2A.5n/achrV 15,717,512contains similarity to Pfam domain PF05218 Protein of unknown function (DUF713) contains similarity to Interpro domain IPR007883 (Protein of unknown function DUF713)
37F07G11.1F07G11.1n/achrV 7,308,454contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
38T28A11.16T28A11.16n/achrV 3,258,866contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
39C13A2.11C13A2.11n/achrV 7,281,405contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
40F26A3.1F26A3.1n/achrI 7,641,050contains similarity to Interpro domain IPR008262 (Lipase, active site)
41skr-16C42D4.6n/achrIV 7,169,011The skr-16 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-16(RNAi) animals are at least superficially normal.
42zig-3C14F5.2n/achrX 7,931,218zig-3 encodes a predicted secreted protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; a zig-3::gfp reporter fusion is expressed in the PVT, AIM, and ASI neurons, as well as in the vulva and weakly in the body wall muscle.
43tag-40R02C2.3n/achrV 249,183C. elegans TAG-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)
44tag-243T04A8.4n/achrIII 4,686,618C. elegans TAG-243 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding)
45mef-2W10D5.1n/achrI 9,097,999mef-2 encodes a transcription factor that is the sole C. elegans member of the MEF2 subgroup of MADS box transcription factors; loss of mef-2 activity does not result in a strong visible phenotype, although mef-2 mutant adults are slightly dumpy (Dpy); in vitro, MEF-2 is able to bind a consensus MEF2 DNA binding site and interact with the class II histone deacetylase encoded by C10E2.3 (hda-4/hda-7); mef-2 mRNA is detected at all stages of development and expression of mef-2 reporter gene fusions begins in neurons during late embryogenesis and continues in all tissues throughout postembryonic development; mef-2 mutations do not appear to interact with mutations in other myogenic factors such as hlh-1, hlh-8, pha-1, and unc-120.
46flp-14Y37D8A.15n/achrIII 12,912,600flp-14 encodes four copies of a single FMRFamide-related short peptide neurotransmitter; FLP-14 can increase pharyngeal action potential frequency, although its exact role in C. elegans neurotransmission is not yet clear.
47C16A3.6C16A3.6n/achrIII 6,379,994contains similarity to Pfam domain PF04874 Mak16 protein contains similarity to Interpro domain IPR006958 (Mak16 protein)
48T22E5.3T22E5.3n/achrX 6,386,631contains similarity to Pfam domains PF01682 (DB module) , PF00041 (Fibronectin type III domain) contains similarity to Interpro domains IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR002602 (Protein of unknown function DB), IPR007110 (Immunoglobulin-like)
49nhr-19E02H1.7n/achrII 9,601,747C. elegans NHR-19 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
50B0284.1B0284.1n/achrIII 4,377,822contains similarity to Interpro domain IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like)