UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T12B3.2T12B3.20chrIV 7,377,887contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3F58B3.4F58B3.4n/achrIV 11,630,269contains similarity to Rattus norvegicus ESF1 homolog (ABT1-associated protein).; SW:Q76MT4
4ran-3C26D10.1n/achrII 8,323,764C. elegans RAN-3 protein; contains similarity to Interpro domains IPR009091 (Regulator of chromosome condensation/beta-lactamase-inhibitor protein II), IPR000408 (Regulator of chromosome condensation, RCC1)
5R11D1.9R11D1.9n/achrV 12,729,002contains similarity to Pfam domain PF05046 Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) contains similarity to Interpro domain IPR007740 (Ribosomal protein L49/IMG2)
6T14B4.1T14B4.1n/achrII 6,739,132
7Y47D3B.9Y47D3B.9n/achrIII 11,467,116contains similarity to Pfam domain PF02892 BED zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted)
8ucp-4K07B1.3n/achrV 9,335,690C. elegans UCP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
9C56G3.2C56G3.2n/achrX 7,365,880contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
10Y45G12C.4Y45G12C.4n/achrV 2,547,175contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
11ZK856.10ZK856.10n/achrV 10,206,112contains similarity to Pfam domains PF08292 (RNA polymerase III subunit Rpc25) , PF03876 (RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR003029 (S1, RNA binding), IPR005576 (RNA polymerase Rpb7, N-terminal), IPR013238 (RNA polymerase III, subunit Rpc25)
12CD4.8CD4.8n/achrV 5,600,286contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
13C07H6.4C07H6.4n/achrIII 7,501,398contains similarity to Pfam domains PF01805 (Surp module) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR006569 (Regulation of nuclear pre-mRNA protein), IPR000061 (SWAP/Surp), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR008942 (ENTH/VHS), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
14T25B9.1T25B9.1n/achrIV 10,749,242T25B9.1 encodes an protein highly similar to 2-amino-3-keto-butyrate coenzyme A ligases (also called AKB ligases or glycine acetyltransferases; EC 2.3.1.29; R.W.
15mrs-1F58B3.5n/achrIV 11,633,685mrs-1 encodes a predicted cytoplasmic methionyl-tRNA synthetase (MetRS), a class I aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of methionine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; MRS-1 is essential for embryogenesis and required also for a normal rate of postembryonic growth.
16C50F2.3C50F2.3n/achrI 3,878,907contains similarity to Pfam domain PF02184 HAT (Half-A-TPR) repeat contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013212 (Mad3/BUB1 homology region 1), IPR003107 (RNA-processing protein, HAT helix)
17C34B7.2C34B7.2n/achrI 8,339,396contains similarity to Pfam domain PF02383 SacI homology domain contains similarity to Interpro domain IPR002013 (Synaptojanin, N-terminal)
18cya-2F59H6.7n/achrII 2,023,091C. elegans CYA-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal)
19cua-1Y76A2A.2n/achrIII 13,447,397The cua-1 gene encodes a putative E1-E2 ATPase orthologous to the human gene KIAA1347 (ATP7A; OMIM:604384), which when mutated leads to Hailey-Hailey disease.
20mtr-4W08D2.7n/achrIV 9,828,133C. elegans MTR-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF08148 (DSHCT (NUC185) domain) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR016438 (RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR012961 (DSH, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
21eif-3.FD2013.7n/achrII 9,332,730C. elegans EIF-3.F protein; contains similarity to Pfam domain PF01398 Mov34/MPN/PAD-1 family contains similarity to Interpro domains IPR000555 (Mov34/MPN/PAD-1), IPR003639 (Mov34-1)
22C14B1.6C14B1.6n/achrIII 3,716,084contains similarity to Interpro domain IPR008162 (Inorganic pyrophosphatase)
23T27A8.3T27A8.3n/achrX 16,062,905contains similarity to Pfam domain PF00557 metallopeptidase family M24 contains similarity to Interpro domains IPR000994 (Peptidase M24, catalytic core), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding)
24smp-2D1037.2n/achrI 3,669,414C. elegans SMP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01403 Sema domain contains similarity to Interpro domains IPR001627 (Semaphorin/CD100 antigen), IPR003659 (Plexin/semaphorin/integrin), IPR016201 (Plexin-like fold), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
25hlh-15C43H6.8n/achrX 2,413,123C. elegans HLH-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
26C25D7.10C25D7.10n/achrV 15,067,993contains similarity to Mus musculus Probable taste receptor type 2 member 23 (T2R23) (STC9-2).; SW:T2R2_MOUSE
27F43G9.10F43G9.10n/achrI 8,639,367contains similarity to Pfam domain PF06991 Micro-fibrillar-associated protein 1 C-terminus contains similarity to Interpro domains IPR009730 (Micro-fibrillar-associated 1, C-terminal), IPR000533 (Tropomyosin)
28T05F1.11T05F1.11n/achrI 9,654,690This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
29B0205.6B0205.6n/achrI 10,738,293contains similarity to Pfam domains PF01212 (Beta-eliminating lyase) , PF00266 (Aminotransferase class-V) contains similarity to Interpro domains IPR001597 (Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR000192 (Aminotransferase, class V/Cysteine desulphurase), IPR016454 (Cysteine desulphurase, NifS), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
30ddx-23F01F1.7n/achrIII 5,851,012C. elegans DDX-23 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
31drs-2F10C2.6n/achrV 12,050,440drs-2 encodes a putative aspartyl-tRNA synthetase.
32ZK1236.7ZK1236.7n/achrIII 8,441,581contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG5862-PA;; FLYBASE:CG5862
33F52B11.2F52B11.2n/achrIV 14,084,140F52B11.2 is orthologous to the human gene PHOSPHOMANNOMUTASE 2 (PMS2; OMIM:601785), which when mutated leads to congenital disorder of glycosylation, type Ia.
34C49A9.5C49A9.5n/achrIV 6,215,077contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
35C50F4.12C50F4.12n/achrV 9,538,883contains similarity to Interpro domain IPR003690 (Mitochodrial transcription termination factor-related)
36nst-1K01C8.9n/achrII 8,281,963nst-1 encodes a homolog of human GNL3 (OMIM:608011, nucleostemin) and GNL3L, and of S. cerevisiae NUG1; NST-1 may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, NST-1 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline; nucleostemin is a nucleolar protein found in stem cells that is required in quantitatively correct amounts (neither too little nor too much) for continued cell division and survival by stem cells or transformed cells; NST-1 is required in mass RNAi assays for normally rapid growth, larval viability, and normal body morphology and pigmentation.
37F31E3.4F31E3.4n/achrIII 6,965,804contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR006055 (Exonuclease), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
38C30H6.7C30H6.7n/achrIV 17,381,384contains similarity to Pfam domains PF00198 (2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain)) , PF02817 (e3 binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR004167 (E3 binding), IPR001078 (Catalytic domain of components of various dehydrogenase complexes)
39T19C3.1T19C3.1n/achrIII 608,506contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
40bch-1F25H2.13n/achrI 10,574,565C. elegans BCH-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF06733 DEAD_2 contains similarity to Interpro domains IPR014013 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding, DinG/Rad3-type), IPR010614 (DEAD2), IPR002464 (DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site), IPR006554 (Helicase-like, DEXD box c2 type), IPR006555 (Helicase, ATP-dependent, c2 type), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR013020 (DNA helicase (DNA repair), Rad3 type)
41glod-4C16C10.10n/achrIII 4,154,066C. elegans GLOD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00903 Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR004360 (Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase)
42Y53C10A.2Y53C10A.2n/achrI 11,968,331contains similarity to Homo sapiens Nucleolar RNA helicase II; ENSEMBL:ENSP00000277806
43mtss-1PAR2.1n/achrIII 8,768,640C. elegans MTSS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00436 Single-strand binding protein family contains similarity to Interpro domains IPR000424 (Primosome PriB/single-strand DNA-binding), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR011344 (Single-strand DNA-binding)
44F43C9.2F43C9.2n/achrX 4,788,190contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR008080 (Parvalbumin), IPR003299 (Flagellar calcium-binding protein (calflagin))
45C05D11.10C05D11.10n/achrIII 6,431,356contains similarity to Interpro domain IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like)
466R55.26R55.2n/achrX 17,713,765
47tsfm-1F55C5.5n/achrV 12,270,895F55C5.5 encodes a translational elongation factor Ts (EF-Ts) that binds two different EF-Tu proteins (EF-TU1/Y71H2AM.23 and EF-TU2/C43E11.4) in vitro, stimulating guanine-nucleotide exchange and mRNA translation; F55C5.5 is predicted to be mitochondrial and has a putative N-terminal transit peptide sequence; F55C5.5 is required in mass RNAi assays for normally rapid growth and for maintenance of the germline.
48C24D10.6C24D10.6n/achrIV 5,159,856contains similarity to Homo sapiens Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1; ENSEMBL:ENSP00000361923
49sfxn-1.5T04F8.1n/achrX 11,660,570C. elegans SFXN-1.5 protein; contains similarity to Pfam domain PF03820 Tricarboxylate carrier contains similarity to Interpro domain IPR004686 (Tricarboxylate/iron carrier)
50C32E8.9C32E8.9n/achrI 3,796,306contains similarity to Pfam domain PF00378 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family contains similarity to Interpro domain IPR001753 (Crotonase, core)