UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1lgc-34T27A1.40chrII 528,462C. elegans LGC-34 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR000585 (Hemopexin), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
2cst-2C24A8.4n/achrX 4,334,568C. elegans CST-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
3C31H2.4C31H2.4n/achrX 5,157,381C31H2.4 encodes a possible 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, orthologous to human HPDL/GLOXD1, and paralogous to HPD-1 and human HPD (OMIM:609695, mutated in tyrosinemia type III); C31H2.4 has no obvious function in mass RNAi experiments.
4unc-29T08G11.5n/achrI 8,899,525unc-29 encodes an non-alpha subunit of the nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) superfamily; UNC-29 is required for normal locomotion and egg-laying, and functions as a subunit of a ligand-gated ion channel that likely mediates fast actions of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; when coexpressed with LEV-1, a non-alpha nAChR subunit, and UNC-38 or UNC-63, alpha AChR subunits, the resulting multimer can form levamisole-gated channels; UNC-29 is expressed in body wall muscle.
5jph-1T22C1.7n/achrI 7,948,882jph-1 encodes a junctophilin, a protein that belongs to a transmembrane family of proteins implicated in the formation of the junctional membrane complex that forms between the plasma membrane and the endoplasmic reticulum in excitable cells; this complex facilitates cross-talk between the cell surface and intracellular ionic channels; RNA interference of jph-1 results in a locomotion defect suggesting impaired body-wall muscle function; a jph-1 promoter-gfp fusion reporter is expressed in all muscle cells and certain neurons of the nerve ring.
6clec-229H02K04.1n/achrV 15,340,763C. elegans CLEC-229 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
7adm-2C04A11.4n/achrX 13,691,794adm-2 encodes a protein containing a snake venom disintegrin-domain and a metalloprotease-like domain (i.e., a protein of the ADAM family); like ADM-1, ADM-2 is homologous to a mammalian sperm glycoprotein (PH-30/fertilin) implicated in sperm-egg fusion, and ADM-2 might thus be a fusogenic protein mediating the merging of plasma membranes during development.
8ctbp-1F49E10.5n/achrX 5,867,998tag-45 encodes a D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase.
9T23G5.6T23G5.6n/achrIII 9,241,340contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domain IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding)
10C17E4.11C17E4.11n/achrI 9,420,385contains similarity to Pfam domain PF08241 Methyltransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR013216 (Methyltransferase type 11)
11T04B8.1T04B8.1n/achrII 635,951
12dmd-4C27C12.6n/achrX 14,859,502C. elegans DMD-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00751 (DM DNA binding domain) , PF03474 (DMRTA motif) contains similarity to Interpro domains IPR005173 (DMRTA motif), IPR001275 (DM DNA-binding)
13hum-7F56A6.2n/achrI 596,704hum-7 encodes a class IX unconventional myosin heavy chain that contains a myosin motor domain in the head region and zinc-finger and rhoGAP (rho GTPase activating protein) domains in the tail region; HUM-7 is required during embryogenesis for cytokinesis and normal cytoplasmic rearrangements, and by homology, may function in organization of the actin cytoskeleton; the precise expression and localization patterns of HUM-7 are not yet known.
14rgs-6C41G11.3n/achrX 5,724,513rgs-6 encodes a regulator of G protein signaling; by homology, RGS-6 is predicted to function as a GTPase-activating protein that binds G protein alpha subunits and negatively regulates heterotrimeric G protein signaling; loss of rgs-6 activity via RNAi or a deletion mutation results in no obvious defects, and likewise, rgs-6 overexpression has no measurable effect on egg-laying behavior, locomotion, or viability; the rgs-6 expression pattern has not yet been reported.
15dyb-1F47G6.1n/achrI 1,486,779The dyb-1 gene encodes a homolog of mammalian alpha-dystrobrevin (DTNA; OMIM:601239), mutation of which can lead to left ventricular noncompaction with congenital heart defects.
16W04G5.8W04G5.8n/achrI 11,650,893contains similarity to Pfam domain PF05075 Protein of unknown function (DUF684) contains similarity to Interpro domain IPR007767 (Protein of unknown function DUF684)
17srt-26C24B9.2n/achrV 2,716,136C. elegans SRT-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
18F11D11.3F11D11.3n/achrV 18,759,090contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
19lev-1F09E8.7n/achrIV 13,176,746lev-1 encodes an alpha subunit of nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) which, when mutated, confers resistance to levamisole; LEV-1 is required for completely normal locomotion, and forms a cation channel when coexpressed with UNC-38 or UNC-63 and UNC-29; LEV-1 falls into the 'UNC-29' class of nAChR subunits, which includes UNC-29, ACR-2, and ACR-3.
20R13D11.3R13D11.3n/achrV 815,301contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
21F49E10.1F49E10.1n/achrX 5,899,725contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
22nhr-204R02C2.4n/achrV 256,479C. elegans NHR-204 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
23F16C3.2F16C3.2n/achrI 10,152,680contains similarity to Clostridium acetobutylicum DNA repair protein recN, ATPase.; TR:Q97HD9
24dct-10Y38H6C.5n/achrV 20,503,211C. elegans DCT-10 protein; contains similarity to Pfam domains PF03732 (Retrotransposon gag protein) , PF00098 (Zinc knuckle) contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR005162 (Retrotransposon gag protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
25Y43F8A.5Y43F8A.5n/achrV 19,387,467contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
26syg-2C26G2.1n/achrX 14,658,836syg-2 encodes a transmembrane protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; during larval development, SYG-2 activity is required in vulval epithelial cells for proper synaptic specificity of the HSNL neuron; in regulating synapse formation, SYG-2 acts as a guidepost protein for the SYG-1 receptor that interacts with SYG-2 and acts within HSNL to regulate synaptic specificity; a SYG-2::GFP fusion protein is expressed in the primary vulval cell lineages beginning at the L3 larval stage, with expression increasing during the L4 stage and finally disappearing by adulthood; in embryos, SYG-2::GFP expression is detected in some head neurons and body wall muscles, the latter of which also express the reporter during the L1 and L2 larval stages.
27F58B4.2F58B4.2n/achrV 10,918,030contains similarity to Pfam domain PF00173 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001199 (Cytochrome b5)
28F38H4.3F38H4.3n/achrIV 11,845,293contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
29trpa-1C29E6.2n/achrIV 11,870,347trpa-1 encodes a transient receptor potential (TRP) ion channel orthologous to the vertebrate and Drosophila TRPA1 channels; in C. elegans, trpa-1 activity is required for specific mechanosensory behaviors such as nose-touch avoidance and touch-mediated foraging; when expressed in mammalian cells, TRPA-1 exhibits channel activity in response to mechanical stimulation; TRPA-1::GFP reporters are expressed in a number of different cell types including sensory neurons, muscle, and epithelial cells.
30T05A1.3T05A1.3n/achrIV 9,563,673contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
31T01B6.1T01B6.1n/achrX 2,342,147n/a
32zig-1K10C3.3n/achrI 9,848,900zig-1 encodes a predicted transmembrane protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; a zig-1::gfp reporter fusion is expressed in most neurons, including the PVT interneuron, as well as in body wall muscle; zig-1::gfp expression begins during the L1 larval stage of development.
33K04G11.4K04G11.4n/achrX 14,351,065contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
34rpy-1C18H9.7n/achrII 6,703,848rpy-1 is orthologous to the human gene 43KDA ACETYLCHOLINE RECEPTOR-ASSOCIATED PROTEIN (RAPSN; OMIM:601592), which when mutated leads to congenital myasthenic syndrome.
35tsp-16F01E11.4n/achrX 6,995,740C. elegans TSP-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin), IPR013838 (Beta tubulin, autoregulation binding site)
36C29F9.6C29F9.6n/achrIII 115,990contains similarity to Pfam domain PF02135 TAZ zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR003101 (Coactivator CBP, KIX), IPR000197 (Zinc finger, TAZ-type)
37R02F2.8R02F2.8n/achrIII 5,494,067contains similarity to Pfam domain PF01490 Transmembrane amino acid transporter protein contains similarity to Interpro domains IPR002091 (Aromatic amino acid permease), IPR013057 (Amino acid transporter, transmembrane)
38R13.4R13.4n/achrIV 10,819,150contains similarity to Pfam domain PF02891 MIZ/SP-RING zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR004181 (Zinc finger, MIZ-type)
39F48B9.1F48B9.1n/achrX 2,183,370contains similarity to Interpro domain IPR001220 (Legume lectin, beta domain)
40rpm-1C01B7.6n/achrV 8,812,661rpm-1 encodes an E3 ubiquitin ligase that contains an N-terminal RCC1 (regulator of chromosome condensation)-like guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain and that is orthologous to Drosophila highwire and murine Phr1; RPM-1 functions autonomously within several different types of neurons to regulate presynaptic differentiation; in regulating axon termination, RPM-1 acts through the GLO-4 guanine nucleotide exchange factor that positively regulates vesicular trafficking through GLO-1/Rab; in regulating synaptogenesis, RPM-1 functions as part of an SCF-like ubiquitin ligase complex that negatively regulates signaling through the DLK-1 MAP kinase cascade; RPM-1 is expressed in most, if not all, neurons from the comma stage of embryogenesis through adulthood; RPM-1 expression is also seen in the pharynx, coelomocytes, and distal tip cells; in neurons, RPM-1 localizes to presynaptic terminals.
41rbc-1F54E4.1n/achrX 14,617,784rbc-1 encodes an ortholog of S. cerevisiae RAV1; like RAV1, RBC-1 may be required for the reassociation of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase) after temporary glucose starvation.
42C44B12.3C44B12.3n/achrIV 1,105,091
43F10D11.5F10D11.5n/achrI 8,443,821contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
44T03D8.2T03D8.2n/achrV 20,833,812contains similarity to Pfam domain PF00164 Ribosomal protein S12 contains similarity to Interpro domains IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR006032 (Ribosomal protein S12/S23), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR005679 (Ribosomal protein S12, bacterial-type)
45tag-278C02F12.7n/achrX 3,686,384C. elegans TAG-278 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
46F42G9.4F42G9.4n/achrIII 761,894
47F13A2.3F13A2.3n/achrV 4,394,967
48nhr-171C54F6.8n/achrV 7,512,900C. elegans NHR-171 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
49F44E7.7F44E7.7n/achrV 5,784,253contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
50Y116A8C.33Y116A8C.33n/achrIV 17,113,736contains similarity to Interpro domain IPR003125 (Protein of unknown function WSN)