UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1W03F8.4W03F8.43.9999999999999996e-100chrIV 5,184,667contains similarity to Pfam domain PF08617 Kinase binding protein CGI-121 contains similarity to Interpro domain IPR013926 (Kinase binding protein CGI-121)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3elo-3D2024.3n/achrIV 7,238,796The elo-3 gene encodes a paralog of elo-1 and elo-2, each of which encodes a polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongase; ELO-3 may be required for normally rapid growth.
4K10B2.4K10B2.4n/achrII 6,360,595contains similarity to Pfam domain PF03669 Uncharacterised protein family (UPF0139) contains similarity to Interpro domain IPR005351 (Protein of unknown function UPF0139)
5W02D3.4W02D3.4n/achrI 6,720,208contains similarity to Pfam domain PF07857 CEO family (DUF1632) contains similarity to Interpro domain IPR012435 (Protein of unknown function DUF1632)
6eif-3.FD2013.7n/achrII 9,332,730C. elegans EIF-3.F protein; contains similarity to Pfam domain PF01398 Mov34/MPN/PAD-1 family contains similarity to Interpro domains IPR000555 (Mov34/MPN/PAD-1), IPR003639 (Mov34-1)
7C25G4.3C25G4.3n/achrIV 12,445,137contains similarity to Pfam domain PF02033 Ribosome-binding factor A contains similarity to Interpro domains IPR000238 (Ribosome-binding factor A), IPR015946 (K homology-like, alpha/beta)
8glod-4C16C10.10n/achrIII 4,154,066C. elegans GLOD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00903 Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR004360 (Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase)
9pqn-96ZK1236.6n/achrIII 8,438,835The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
10C45G9.5C45G9.5n/achrIII 5,049,097
11F22B5.10F22B5.10n/achrII 8,467,514contains similarity to Pfam domain PF05809 Eukaryotic protein of unknown function (DUF841) contains similarity to Interpro domain IPR008559 (Protein of unknown function DUF841, eukaryotic)
12K07C5.3K07C5.3n/achrV 10,344,230contains similarity to Pfam domain PF00645 Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region contains similarity to Interpro domain IPR001510 (Zinc finger, PARP-type)
13mrs-1F58B3.5n/achrIV 11,633,685mrs-1 encodes a predicted cytoplasmic methionyl-tRNA synthetase (MetRS), a class I aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of methionine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; MRS-1 is essential for embryogenesis and required also for a normal rate of postembryonic growth.
14apm-3F53H8.1n/achrX 956,347apm-3 encodes an adaptin, orthologous to the mu3 subunit of adaptor protein complex 3 (AP-3); APM-3 is also orthologous to human HPS, which when mutated leads to Hermansky-Pudlak syndrome (OMIM:203300); based on structural similarity, APM-3 is predicted to be involved in the formation of intracellular transport vesicles, and genetic analyses indicate that apm-3 activity is required for biogenesis of lysosome-related gut granules.
15Y45G12C.4Y45G12C.4n/achrV 2,547,175contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
16F44E7.9F44E7.9n/achrV 5,791,637contains similarity to Pfam domain PF07019 Rab5-interacting protein (Rab5ip) contains similarity to Interpro domain IPR010742 (Rab5-interacting)
17F54C4.1F54C4.1n/achrIII 88,394contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpL40-PA;; FLYBASE:CG5242
18B0035.11B0035.11n/achrIV 11,328,468contains similarity to Pfam domain PF04004 Leo1-like protein contains similarity to Interpro domain IPR007149 (Leo1-like protein)
19sec-3F52E4.7n/achrX 3,097,634C. elegans SEC-3 protein ; contains similarity to Danio rerio Exocyst complex component 1.; TR:Q7T2A6
20C56G3.2C56G3.2n/achrX 7,365,880contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
21C06H2.3C06H2.3n/achrV 11,128,767contains similarity to Pfam domains PF02373 (JmjC domain) , PF00583 (Acetyltransferase (GNAT) family) contains similarity to Interpro domains IPR013129 (Transcription factor jumonji), IPR003347 (Transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase), IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
22K08F11.2K08F11.2n/achrIV 4,718,190contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
23K10E9.1K10E9.1n/achrI 196,071
24smp-2D1037.2n/achrI 3,669,414C. elegans SMP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01403 Sema domain contains similarity to Interpro domains IPR001627 (Semaphorin/CD100 antigen), IPR003659 (Plexin/semaphorin/integrin), IPR016201 (Plexin-like fold), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
25ZK1010.3ZK1010.3n/achrIII 12,979,542contains similarity to Pfam domain PF06229 FRG1-like family contains similarity to Interpro domains IPR010414 (FRG1-like), IPR008999 (Actin-crosslinking proteins)
26T03G11.6T03G11.6n/achrX 5,178,330contains similarity to Pfam domains PF05219 (DREV methyltransferase) , PF08242 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR007884 (DREV methyltransferase)
27C24G6.3C24G6.3n/achrV 5,517,383contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
28K07A1.10K07A1.10n/achrI 9,615,852contains similarity to Interpro domain IPR002367 (Nociceptin)
29Y106G6H.14Y106G6H.14n/achrI 10,472,796contains similarity to Pfam domains PF07653 (Variant SH3 domain) , PF00018 (SH3 domain) , PF00023 (Ankyrin repeat) (3)contains similarity to Interpro domains IPR001452 (Src homology-3), IPR000108 (Neutrophil cytosol factor 2), IPR002110 (Ankyrin), IPR013315 (Spectrin alpha chain), IPR011511 (Variant SH3)
30K09C4.5K09C4.5n/achrX 3,284,155contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
31K08F4.1K08F4.1n/achrIV 10,124,631contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR001199 (Cytochrome b5), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
32F31E3.4F31E3.4n/achrIII 6,965,804contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR006055 (Exonuclease), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
33C06E1.3C06E1.3n/achrIII 8,582,414contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mol-PD;; FLYBASE:CG4482
34M03C11.8M03C11.8n/achrIII 10,432,042contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR000330 (SNF2-related), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
35C25A11.2C25A11.2n/achrX 9,115,559contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
36F56A11.5F56A11.5n/achrIV 569,608contains similarity to Pfam domains PF03473 (MOSC domain) , PF03476 (MOSC N-terminal beta barrel domain) contains similarity to Interpro domains IPR005303 (MOSC, N-terminal beta barrel), IPR005302 (Molybdenum cofactor sulphurase, C-terminal), IPR001484 (Pyrokinin, conserved site), IPR011037 (Pyruvate kinase, beta-barrel-like)
37sec-15C28G1.3n/achrX 8,833,671C. elegans SEC-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF04091 Exocyst complex subunit Sec15-like contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR007225 (Exocyst complex subunit Sec15-like)
38F54B8.1F54B8.1n/achrV 15,811,031contains similarity to Pfam domain PF03380 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF282 contains similarity to Interpro domain IPR005044 (Protein of unknown function DUF282, Caenorhabditis species)
39C05D11.10C05D11.10n/achrIII 6,431,356contains similarity to Interpro domain IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like)
40Y47H9C.8Y47H9C.8n/achrI 11,895,073contains similarity to Streptococcus pneumoniae Magnesium transporter, CorA family.; TR:Q97SX8
41W04B5.1W04B5.1n/achrIII 2,428,781
42ZK1098.2ZK1098.2n/achrIII 9,530,428contains similarity to Klebsiella aerogenes Siroheme synthetase.; TR:Q9EYX8
43npp-5F07A11.3n/achrII 11,598,202C. elegans NPP-5 protein; contains similarity to Interpro domain IPR007252 (Nuclear pore protein 84/107)
44C50F2.3C50F2.3n/achrI 3,878,907contains similarity to Pfam domain PF02184 HAT (Half-A-TPR) repeat contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013212 (Mad3/BUB1 homology region 1), IPR003107 (RNA-processing protein, HAT helix)
45dapk-1K12C11.4n/achrI 1,316,902C. elegans DAPK-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00531 (Death domain) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00023 (Ankyrin repeat) (8)contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011029 (DEATH-like), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR002110 (Ankyrin), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000488 (Death)
46R05D3.9R05D3.9n/achrIII 8,365,541contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold)
47scpl-2F45E12.1n/achrII 7,312,591scpl-2 encodes a putative serine/threonine phosphatase, orthologous to budding yeast Nem1p and human DULLARD; SCPL-2 is expressed in pharynx and intestine; SCPL-2 is distantly similar to FCP-1 and SCPL-1, -3, and -4; by orthology, SCPL-2 is expected to localize to the nuclear envelope, to regulate nuclear membrane biogenesis, and to dephosphorylate the phosphatidic acid phosphatase ortholog H37A05.1.
48prp-17F49D11.1n/achrI 10,938,676C. elegans PRP-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
49B0238.10B0238.10n/achrV 5,274,794contains similarity to Pfam domain PF00583 Acetyltransferase (GNAT) family contains similarity to Interpro domains IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
50dnj-15K08D10.2n/achrIV 4,177,547This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.