UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C06H5.6C06H5.60chrV 17,884,381contains similarity to Pfam domains PF00083 (Sugar (and other) transporter) , PF07690 (Major Facilitator Superfamily) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
2T10F2.4T10F2.4n/achrIII 5,171,158contains similarity to Pfam domains PF08606 (Prp19/Pso4-like) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003613 (U box), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR009053 (Prefoldin), IPR001680 (WD40 repeat), IPR013915 (Pre-mRNA-splicing factor 19), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
3Y47H9C.2Y47H9C.2n/achrI 11,842,812contains similarity to Pfam domain PF01529 DHHC zinc finger domain contains similarity to Interpro domain IPR001594 (Zinc finger, DHHC-type)
4R02E12.4R02E12.4n/achrX 4,005,562contains similarity to Pfam domains PF03148 (Tektin family) , PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000435 (Tektin), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
5F28B1.3F28B1.3n/achrV 17,053,645contains similarity to Interpro domain IPR009021 ()
6R13A5.10R13A5.10n/achrIII 7,582,468contains similarity to Pfam domain PF00383 Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region contains similarity to Interpro domains IPR002125 (CMP/dCMP deaminase, zinc-binding), IPR016193 (Cytidine deaminase-like)
7skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
8F53F1.3F53F1.3n/achrV 13,409,019contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
9lips-10F14E5.5n/achrII 8,440,581C. elegans LIPS-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
10Y45G12B.3Y45G12B.3n/achrV 2,691,488contains similarity to Pfam domain PF01266 FAD dependent oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
11clec-187ZK896.6n/achrIV 12,870,360C. elegans CLEC-187 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
12H11E01.2H11E01.2n/achrX 1,623,360contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
13T10D4.6T10D4.6n/achrII 3,121,247contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR009057 (Homeodomain-like)
14VT23B5.2VT23B5.2n/achrIV 12,671,338VT23B5.2 encodes a BEACH-WD40 domain-containing protein that is orthologous to human WDFY3 (WD repeat and FYVE domain containing 3); loss of VT23B5.2 activity via mutation or large-scale RNAi screens in a wild-type background results in no obvious abnormalities.
15F58E2.4F58E2.4n/achrIV 3,465,102contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) (2), PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
16srd-72Y45G12C.9n/achrV 2,533,025C. elegans SRD-72 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR001614 (Myelin proteolipid protein PLP), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002016 (Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial)
17Y6B3B.9Y6B3B.9n/achrI 13,743,033contains similarity to Pfam domain PF04031 Las1-like contains similarity to Interpro domain IPR007174 (Las1-like)
18F44D12.2F44D12.2n/achrIV 10,015,214contains similarity to Pfam domain PF01064 Activin types I and II receptor domain contains similarity to Interpro domain IPR000472 (TGF-beta receptor/activin receptor, type I/II)
19C35B1.2C35B1.2n/achrIV 4,094,546n/a
20T01C3.2T01C3.2n/achrV 14,991,380T01C3.2 encodes a divergent ortholog of Drosophila melanogaster E(Y)2 and budding yeast Sus1p; by orthology, T01C3.2 is predicted to enable both transcriptional activation and silencing in chromatin; however, T01C3.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
21atgp-2C38C6.2n/achrII 14,641,992atgp-2 encodes an amino acid transporter glycoprotein subunit; when co-expressed in Xenopus oocytes with either the AAT-1 or AAT-3 catalytic subunit, ATGP-2 facilitates amino acid uptake and exchange, showing a relatively high affinity for small and some large neutral amino acids; when co-expressed with AAT-9, ATGP-2 is able to enhance the activity of this catalytic subunit; ATGP-2 can covalently associate with AAT-1 or AAT-3 in the Xenopus expression system; when co-expressed with AAT-1 or AAT-3, ATGP-2 localizes to the cell surface of oocytes, but when expressed alone, ATGP-2 localizes intracellularly.
22F13E6.5F13E6.5n/achrX 10,696,500contains similarity to Pfam domain PF01569 PAP2 superfamily contains similarity to Interpro domains IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR016118 (Phosphatidic acid phosphatase/chloroperoxidase, N-terminal)
23pac-1C04D8.1n/achrIII 8,508,167C. elegans PAC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00169 (PH domain) contains similarity to Interpro domains IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000198 (RhoGAP)
24Y4C6B.6Y4C6B.6n/achrIV 5,347,749The Y4C6B.6 gene encodes a homolog of the human gene GLCM, which when mutated leads to Gaucher disease type I (OMIM:230800).
25nhr-125R02D1.1n/achrV 4,322,934C. elegans NHR-125 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
26srw-60T11F1.1n/achrII 2,960,240C. elegans SRW-60 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
27ceh-31C33D12.1n/achrX 3,069,626ceh-31 encodes a protein containing a homeobox domain.
28lgc-21C33G3.3n/achrX 14,065,977C. elegans LGC-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
29C18B12.6C18B12.6n/achrX 15,005,608contains similarity to Pfam domain PF07970 Protein of unknown function (DUF1692) contains similarity to Interpro domain IPR012936 (Protein of unknown function DUF1692)
30dcs-1Y113G7A.9n/achrV 20,084,683dcs-1 encodes a scavenger mRNA decapping enzyme; dcs-1 exhibits hydrolase activity in vitro, with specificity for 7meGMP in its primary nucleoside monophosphate binding site; dcs-1 is the upstream gene in an operon with fre-1, which encodes an NADPH-dependent flavin reductase; reporter fusions using dcs-1 upstream sequence direct expression throughout the life cycle in neurons and pharyngeal muscle; expression is present in dauer larvae and enhanced by heat shock.
31pqn-27E01G4.4n/achrII 13,454,655The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
32nhr-166C49D10.2n/achrII 3,881,165C. elegans NHR-166 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
33Y51H1A.2Y51H1A.2n/achrII 13,867,372contains similarity to Pfam domain PF02759 RUN domain contains similarity to Interpro domain IPR004012 (RUN)
34C42C1.7C42C1.7n/achrIV 12,297,231contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
35F38A1.8F38A1.8n/achrIV 1,236,362contains similarity to Pfam domains PF00448 (SRP54-type protein, GTPase domain) , PF02881 (SRP54-type protein, helical bundle domain) , PF04086 (Signal recognition particle, alpha subunit, N-terminal) contains similarity to Interpro domains IPR007222 (Signal recognition particle receptor, alpha subunit, N-terminal), IPR000897 (Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase), IPR011012 (Longin-like), IPR013822 (Signal recognition particle, SRP54 subunit, helical bundle), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
36F09E10.5F09E10.5n/achrX 1,492,033
37C04C3.3C04C3.3n/achrIV 3,401,683contains similarity to Pfam domains PF02780 (Transketolase, C-terminal domain) , PF02779 (Transketolase, pyrimidine binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR005476 (Transketolase, C-terminal), IPR005475 (Transketolase, central region), IPR015941 (Transketolase C-terminal-like)
38sre-27Y57A10C.3n/achrII 12,416,469C. elegans SRE-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
39nlp-17Y45F10A.5n/achrIV 13,505,484C. elegans NLP-17 protein ;
40cdd-1C47D2.2n/achrX 8,209,904cdd-1 encodes a cytidine deaminase that contains a zinc-binding region; expressed in the intestine.
41F36F12.7F36F12.7n/achrV 2,099,700
42T27F6.6T27F6.6n/achrI 12,492,740contains similarity to Pfam domain PF03372 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family contains similarity to Interpro domain IPR005135 (Endonuclease/exonuclease/phosphatase)
43ubc-20F40G9.3n/achrIII 189,890C. elegans UBC-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00179 Ubiquitin-conjugating enzyme contains similarity to Interpro domains IPR000608 (Ubiquitin-conjugating enzyme, E2), IPR009060 (UBA-like), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR015940 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote)
44xrn-2Y48B6A.3n/achrII 14,160,796C. elegans XRN-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03159 XRN 5'-3' exonuclease N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR017151 (5'-3' exoribonuclease 2), IPR004859 (Putative 5-3 exonuclease), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
45Y45F10D.6Y45F10D.6n/achrIV 13,797,043
46nhr-253ZK6.4n/achrV 397,792C. elegans NHR-253 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000679 (Zinc finger, GATA-type), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
47T19D7.4T19D7.4n/achrX 660,149contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR004012 (RUN)
48F54E4.3F54E4.3n/achrX 14,634,171contains similarity to Melanoplus sanguinipes entomopoxvirus ORF MSV230 hypothetical protein.; TR:Q9YVL2
49F20D6.11F20D6.11n/achrV 8,197,919F20D6.11 encodes a putative flavin-adenine dinucleotide (FAD)-binding oxidoreductase orthologous to human AIFM3 (AIFL), and paralogous to WAH-1 and mammalian PDCD8 (AIF; OMIM:300169, mutated in Harlequin mice); F20D6.11 is expressed in pharynx, anal depressor and body wall muscles, the reproductive system (including spermatheca), and unidentified tail cells; given its orthology to AIFM3, F20D6.11 may promote apoptosis; however, F20D6.11 has no obvious function in mass RNAi assays.
50C33B4.2C33B4.2n/achrII 11,371,111contains similarity to Aristolochia gigantea RPB140 (EC 2.7.7.6) (DNA-directed RNA polymerase beta chain)s(Fragment).; TR:O48912