Affine Alignment
 
Alignment between CNTN1 (top ENST00000551295.7_9 1018aa) and CNTN1 (bottom ENST00000551295.7_9 1018aa) score 102809

0001 MKMWLLVSHLVIISITTCLAEFTWYRRYGHGVSEEDKGFGPIFEEQPINTIYPEESLEGK 0060
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0061 VSLNCRARASPFPVYKWRMNNGDVDLTSDRYSMVGGNLVINNPDKQKDAGIYYCLASNNY 0120
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0121 GMVRSTEATLSFGYLDPFPPEERPEVRVKEGKGMVLLCDPPYHFPDDLSYRWLLNEFPVF 0180
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0181 ITMDKRRFVSQTNGNLYIANVEASDKGNYSCFVSSPSITKSVFSKFIPLIPIPERTTKPY 0240
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0241 PADIVVQFKDVYALMGQNVTLECFALGNPVPDIRWRKVLEPMPSTAEISTSGAVLKIFNI 0300
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0301 QLEDEGIYECEAENIRGKDKHQARIYVQAFPEWVEHINDTEVDIGSDLYWPCVATGKPIP 0360
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0361 TIRWLKNGYAYHKGELRLYDVTFENAGMYQCIAENTYGAIYANAELKILALAPTFEMNPM 0420
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0361 TIRWLKNGYAYHKGELRLYDVTFENAGMYQCIAENTYGAIYANAELKILALAPTFEMNPM 0420

0421 KKKILAAKGGRVIIECKPKAAPKPKFSWSKGTEWLVNSSRILIWEDGSLEINNITRNDGG 0480
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0481 IYTCFAENNRGKANSTGTLVITDPTRIILAPINADITVGENATMQCAASFDPALDLTFVW 0540
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0481 IYTCFAENNRGKANSTGTLVITDPTRIILAPINADITVGENATMQCAASFDPALDLTFVW 0540

0541 SFNGYVIDFNKENIHYQRNFMLDSNGELLIRNAQLKHAGRYTCTAQTIVDNSSASADLVV 0600
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0601 RGPPGPPGGLRIEDIRATSVALTWSRGSDNHSPISKYTIQTKTILSDDWKDAKTDPPIIE 0660
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0661 GNMEAARAVDLIPWMEYEFRVVATNTLGRGEPSIPSNRIKTDGAAPNVAPSDVGGGGGRN 0720
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0721 RELTITWAPLSREYHYGNNFGYIVAFKPFDGEEWKKVTVTNPDTGRYVHKDETMSPSTAF 0780
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0781 QVKVKAFNNKGDGPYSLVAVINSAQDAPSEAPTEVGVKVLSSSEISVHWEHVLEKIVESY 0840
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0841 QIRYWAAHDKEEAANRVQVTSQEYSARLENLLPDTQYFIEVGACNSAGCGPPSDMIEAFT 0900
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0901 KKAPPSQPPRIISSVRSGSRYIITWDHVVALSNESTVTGYKVLYRPDGQHDGKLYSTHKH 0960
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0961 SIEVPIPRDGEYVVEVRAHSDGGDGVVSQVKISGAPTLSPSLLGLLLPAFGILVYLEF 1018
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0961 SIEVPIPRDGEYVVEVRAHSDGGDGVVSQVKISGAPTLSPSLLGLLLPAFGILVYLEF 1018