UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1inx-3F22F4.20chrX 5,997,159C. elegans INX-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00876 Innexin contains similarity to Interpro domain IPR000990 (Innexin)
2fbxb-37T16A1.8n/achrII 2,092,797This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
3F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
4btb-11M01D1.3n/achrII 1,024,269C. elegans BTB-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
5C31H5.6C31H5.6n/achrI 9,045,096contains similarity to Pfam domains PF08840 (BAAT / Acyl-CoA thioester hydrolase C terminal) , PF04775 (Acyl-CoA thioester hydrolase / Bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase) contains similarity to Interpro domains IPR006862 (Acyl-CoA thioester hydrolase/bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase), IPR014940 (BAAT/Acyl-CoA thioester hydrolase C-terminal), IPR016662 (Acyl-CoA thioesterase, long chain)
6F15A4.2F15A4.2n/achrII 12,463,181This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
7dct-13Y116A8C.17n/achrIV 17,024,680Y116A8C.17 encodes a CCCH tandem zinc finger (TZF) protein; based upon its sequence similarity to other TZF proteins, such as MEX-5 and POS-1, the product of Y116A8C.17 is predicted to function as an RNA-binding protein.
8fbxb-24Y56A3A.15n/achrIII 11,909,309This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
9Y53C12C.1Y53C12C.1n/achrII 9,827,141Y53C12C.1 encodes a divergent paired-like homeodomain protein that does not belong to the Q50, K50, or S50 classes; it has no obvious function in mass RNAi assays.
10fbxb-8F49B2.1n/achrI 14,302,931This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
11bath-9Y49F6C.3n/achrII 3,377,880C. elegans BATH-9 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR010916 (TonB box, conserved site), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
12F43G6.5F43G6.5n/achrII 11,815,623contains similarity to Pfam domains PF04926 (Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain) , PF01909 (Nucleotidyltransferase domain) , PF04928 (Poly(A) polymerase central domain) contains similarity to Interpro domains IPR007012 (Poly(A) polymerase, central region), IPR002934 (Nucleotidyltransferase), IPR007010 (Poly(A) polymerase, RNA-binding region), IPR014492 (Poly(A) polymerase), IPR011068 (Nucleotidyltransferase, class I, C-terminal-like)
13F58E1.12F58E1.12n/achrII 1,693,958
14R11.4R11.4n/achrX 16,210,394contains similarity to Leishmania major Hypothetical protein.; TR:Q9GRL1
15F57G9.3F57G9.3n/achrII 12,409,678contains similarity to Prochlorococcus marinus subsp pastoris Putative phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase precursors(EC 2.7.8.13).; TR:Q7UZF8
16nfya-1T08D10.1n/achrX 11,945,554C. elegans NFYA-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02045 CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B contains similarity to Interpro domain IPR001289 (CCAAT-binding transcription factor, subunit B)
17M106.2M106.2n/achrII 10,847,185contains similarity to Homo sapiens Lamin B2; ENSEMBL:ENSP00000264564
18lips-6ZK617.2n/achrIV 12,014,941C. elegans LIPS-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domains IPR002918 (Lipase, class 2), IPR008262 (Lipase, active site)
19C24H12.1C24H12.1n/achrII 444,212This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
20fbxb-54K05F6.7n/achrII 1,555,788C. elegans FBXB-54 protein; contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001404 (Heat shock protein Hsp90), IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
21K01A2.9K01A2.9n/achrII 316,397contains similarity to Interpro domain IPR002229 (Blood group Rhesus C/E and D polypeptide)
22B0304.2B0304.2n/achrII 4,524,073
23Y44A6C.2Y44A6C.2n/achrV 20,718,374contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8I380
24F13H10.1F13H10.1n/achrIV 11,004,784contains similarity to Oryza sativa Putative pM5 collagenase.; TR:Q93W04
25sdz-9F08D12.10n/achrII 2,773,000This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
26srt-43F18E2.4n/achrV 12,770,035C. elegans SRT-43 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
27btb-10K02E7.9n/achrII 1,060,263C. elegans BTB-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
28fbxb-66Y40B1B.3n/achrI 13,424,575C. elegans FBXB-66 protein; contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
29F38C2.7F38C2.7n/achrIV 16,277,045F38C2.7 encodes a CCCH tandem zinc finger (TZF) protein; based upon its sequence similarity to other TZF proteins, such as MEX-5 and POS-1, the product of F38C2.7 is predicted to function as an RNA-binding protein.
30T27A1.2T27A1.2n/achrII 532,038contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
31T04D3.5T04D3.5n/achrI 13,330,023
32C05D9.7C05D9.7n/achrX 1,118,323
33C17E4.2C17E4.2n/achrI 9,413,650contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2EJ43
34F10A3.1F10A3.1n/achrV 16,140,754F10A3.1 encodes a claudin homolog that may be required for normal cohesion of apical junctions in epithelia; F10A3.1 is worm-specific, with obvious homologs only in C. elegans; F10A3.1 has no obvious function in mass RNAi assays; claudins are integral membrane proteins with four transmembrane sequences that are found in mammalian tight junctions (TJs), induce TJs when transgenically expressed in cells normally lacking them, and can mediate the specific conductance of of specific ions (e.g., magnesium or calcium) through TJs while blocking the flow of water.
35Y9D1A.1Y9D1A.1n/achrII 7,447,545
36R11A5.3R11A5.3n/achrI 7,863,191contains similarity to Mycobacterium tuberculosis DNA-binding protein HU homolog (Histone-like protein) (Hlp) (21-kDaslaminin-2-binding protein).; SW:DBH_MYCTU
37fbxb-26F58E1.3n/achrII 1,683,034This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
38fbxb-22Y56A3A.10n/achrIII 11,882,947This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
39Y106G6D.1Y106G6D.1n/achrI 10,108,184contains similarity to Methanocaldococcus jannaschii DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:Q58718
40F54B11.10F54B11.10n/achrX 13,582,322contains similarity to Conus arenatus Conotoxin scaffold VI/VII.; TR:Q9BP99
41fbxb-103F53C3.2n/achrII 3,907,716This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
42fbxb-83T17A3.6n/achrIII 144,210C. elegans FBXB-83 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
43F23D12.5F23D12.5n/achrX 14,450,814F23D12.5 encodes a putative histone H3 di/trimethyllysine-27 (H3K27me2/me3) demethylase; F23D12.5 contains a C-terminal JmjC domain, and is homologous to human JMJD3, UTX (OMIM:300128), and UTY (OMIM:400009); F23D12.5 is expected to antagonize transcriptional repression by polycomb repressor complexes, which mark stem cells (and presumably germline) by H3K27me3-mediated repression of somatic genes; however, F23D12.5 has no obvious function in mass RNAi assays.
44Y43F11A.4Y43F11A.4n/achrII 12,120,633contains similarity to Bos taurus Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory gamma subunit (PI3-kinasesp85-gamma subunit) (PtdIns-3-kinase p85-gamma) (p55PIK).; SW:P55G_BOVIN
45F44A6.3F44A6.3n/achrX 10,213,400contains similarity to Human parainfluenza 1 virus RNA polymerase alpha subunit (EC 2.7.7.48) (Nucleocapsidsphosphoprotein).; SW:RRPP_PI1HB
46dsl-1W09G12.4n/achrIV 1,207,661dsl-1 encodes a secreted protein with a single DSL and EGF domain in series, resembling Delta/LAG-2; DSL-1, with APX-1 and LAG-2, is collectively required for LIN-12/Notch-mediated lateral signalling during postembryonic vulval development; DSL-1, when misexpressed by lag-2 sequences, can rescue the larval-lethal and anchor cell phenotypes of lag-2(q420ts); dsl-1(RNAi) animals have abnormal vulvae in a genetic background sensitized for lateral signalling defects; dsl-1(ok810) mutants, while viable and fertile, have a 4% penetrant defect in lateral signaling, which exceeds 13% with apx-1 and lag-2 RNAi; dsl-1 is strongly transcribed in P6.p cells; SUR-2 regulates dsl-1 along with apx-1 and lag-2; DSL-1 belongs to a nematode-specific family of Delta/LAG-2-like proteins that includes DSL-2, -3, -5, -6, and -7.
47M01E5.6M01E5.6n/achrI 13,299,460contains similarity to Pfam domain PF02172 KIX domain contains similarity to Interpro domain IPR003101 (Coactivator CBP, KIX)
48srh-130F14F9.1n/achrV 5,152,066C. elegans SRH-130 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR001463 (Sodium:alanine symporter), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
49srz-54Y102A5C.25n/achrV 16,981,243C. elegans SRZ-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
50F21D5.6F21D5.6n/achrIV 8,740,745contains similarity to Xenopus laevis Ribonuclease H2 subunit B (RNase H2 subunit B) (Ribonuclease HIssubunit B).; SW:Q5HZP1