Affine Alignment
 
Alignment between PCDHGA2 (top ENST00000394576.3 932aa) and PCDHGA4 (bottom ENST00000571252.3 962aa) score 67469

001 MAALQKLPHCRKLVLLCFLLATLWEARAGQIRYSVREEIDRGSFVGNIAKDLGLEPLALA 060
    |||    |   +|+ +| ||  | | || || ||| || + || |||||||||| |  ||
032 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELA 091

061 EQGVRIVSRGRSQLFALNPRSGSLVTANRIDREELCAQSAPCLLNFNILLEDKLTIYSVE 120
    |+|||||||||+||||||||||+|||| |||||||| +|  |+ |  ||||| + |  ||
092 ERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVE 151

121 VEITDINDNAPRFGVEELELKISETTTPGFRIPLKNAHDADVGENALQKYALNPNDHFSL 180
    ||| |+||| | || |+ |+|++|   || | ||  | | ||| |+|| | || | +|||
152 VEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSL 211

181 DVRRGADGNKYPELVLERSLDREEEAVHHLVLVASDGGDPVLSGTSRICVKVLDANDNAP 240
    ||+ |||| |||||||||+||||||||||||| | |||||| |||+|| + ++| |||||
212 DVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAP 271

241 VFTQPEYRISIPENTLVGTRILTVTATDADEGYYAQVVYFLEKSPGETSEVFELKSTSGE 300
    ||||||| +|+ ||  ||||+||| ||| |||    | |   |   + |++|+| | ||+
272 VFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGD 331

301 LTIIKDLDYEDATFHEIDIEAQDGPGLLTRAKVIVTVLDVNDNAPEFYMTSATSSVSEDS 360
    +||+  |||||+ |++||+|| |||||  |+||+||||| ||||||  +|| |||| | |
332 ITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESS 391

361 LPGTIIGLFNVHDRDSGQNAFTTCSLPEDLPFKLEKSVDNYYRLVTTRALDREQFSFYNI 420
     |||+| |||||| ||| |   |||+|++||| |||+  |||||+| | ||||+ | |||
392 SPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNI 451

421 TLTAKDGGNPSLSTDAHILLQVADINDNAPAFSRTSYSTYIPENNPRGASVFSVTAHDPD 480
    |+|| | | | |||+ || ||| ||||| | |   ||| |||||||||||+ |+|| |||
452 TVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPD 511

481 SNDNAHVTYSFAEDTVQGAPLSSYISINSDTGVLYALRSFDYEQLRDLQVWVIARDSGNP 540
    | ||| +||| |||| ||||||||+||||+||+|||| |||||| ||||+ + | |||+|
512 SGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDP 571

541 PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPAFPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ 600
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||+ ||||||||||||||||
572 PLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQ 631

601 NAWLSYHLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAIQDHGQPPLSATVTL 660
    |||||| |||+||||||+|||||||||||||||||||||| ||| +||||||||||||||
632 NAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTL 691

661 TVAVADRIPDILADLGSLEPSAIPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLAHRLRRWH 720
    |||||| |||+|||||||+||| |+|| |||||||||||||||||||| |||| +|||||
692 TVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWH 751

721 KSRLLQASGGSLTGMQSSHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI 780
    ||||| | |  | |+ +||||||||||||||||||||||||||||||||| ||+||||||
752 KSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLI 811

781 SQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN 840
    |+||||| + |   | ||| + +    |||||||||||||||||||||||||||||||||
812 SRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNL-QQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN 870

841 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS 900
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
871 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS 930

901 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK 932
    ||||||||||||||||||||||||||||||||
931 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK 962