Affine Alignment
 
Alignment between PCDHA3 (top ENST00000522353.3 950aa) and PCDHA6 (bottom ENST00000529310.6 950aa) score 76817

001 MLFSWREDPGAQCLLLSLLLLAASEVGSGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV 060
    |+|+  +  | ||||| |||||| +|||||||||| ||||||||||||||||||||||||
001 MVFTPEDRLGKQCLLLPLLLLAAWKVGSGQLHYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV 060

061 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVE 120
    |||||+|||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||+
061 PRLFRMASKDREDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD 120

121 VEVKDINDNAPVFPMAVKNLFISESRQPGSRFSLEGASDADIGTNSLLTYSLDSTEYFTL 180
    |||+||||| |+||+  + + | ||| | | | ||||||||+|+||+||| | |+||| |
121 VEVRDINDNPPLFPVEEQRVLIYESRLPDSVFPLEGASDADVGSNSILTYKLSSSEYFGL 180

181 DVKRNDEEIKSLGLVLKKNLNREDTPKHYLLITAIDGGKPELTGTTQLKITVLDVNDNAP 240
    ||| | ++ | +||+|||+|+||+ | | | +|| |||||||||| || +||||||||||
181 DVKINSDDNKQIGLLLKKSLDREEAPAHNLFLTATDGGKPELTGTVQLLVTVLDVNDNAP 240

241 AFERTIYKVRLLENAPNGTLVVTVNATDLDEGVNKDIAYSFNTDMSADILSKFHLDPVNG 300
     ||++ |+||+ ||| ||| |+ +||+| ||| |  |+||||+ ++| ++  | +|   |
241 TFEQSEYEVRIFENADNGTTVIRLNASDRDEGANGAISYSFNSLVAAMVIDHFSIDRNTG 300

301 QISVKGNIDFEESKSYEIQVEATDKGNPPMSDHCTVLLEIVDINDNVPELVIQSLSLPVL 360
    +| ++||+|||+   |+| ++|||||+|||+ |||||+ |+| ||||||+ + |||||| 
301 EIVIRGNLDFEQENLYKILIDATDKGHPPMAGHCTVLVRILDKNDNVPEIALTSLSLPVR 360

361 EDSPLSTVIALISVSDRDSGVNGQVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSPLDRESVSA 420
    ||+   ||||||||+| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
361 EDAQFGTVIALISVNDLDSGANGQVNCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSA 420

421 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFSQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR 480
    ||||||||||||||||||||+||||||+|||||||+| ||||||||||||||||||||||
421 YELVVTARDGGSPSLWATASLSVEVADMNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR 480

481 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA 540
    |||||||||||||||||||||||||||+||||||||||||||||||||||||||||||||
481 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYISVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA 540

541 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLMPRVGGIGGAVSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDAD 600
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||+||| |||||||||||
541 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTGGAVSELVPRSLGAGQVVAKVRAVDAD 600

601 SGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDEVDAPRHRLLVLVKDHGEPSLT 660
    |||||||||||||    || ||||||||||||||| ||| |+|||||||||||||||+||
601 SGYNAWLSYELQPPASSARFPFRVGLYTGEISTTRVLDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALT 660

661 ATATVLVSLVESGQAPKASSQASAGATGPEAALVDVNVYLIVAICAVSSLLVLTLLLYTA 720
    ||||||||||||||||||||+|| || ||||||||||||||+||||||||||||||||||
661 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGAAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA 720

721 LRCSAPPTEGDCGPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRQQRVCSGEGLPKTDLMAFSPSLPPCP 780
    |||||||||| |   |||||||||||||||||||+|||||||| || ||||||||| |||
721 LRCSAPPTEGACTADKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGPPKMDLMAFSPSLSPCP 780

781 ISRDREEKQDVDVDLSAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP 840
    |   + | ||++ |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
781 IMMGKAENQDLNEDHDAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP 840

841 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR 900
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
841 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR 900

901 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ 950
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901 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ 950