UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1SCML4n/a
n/a
n/a
n/a
0chr6 107,763,233Scm polycomb group protein like 4, transcript variant 1 (from RefSeq NM_198081.5)
2SIRPGn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr20 1,643,465signal regulatory protein gamma, transcript variant 1 (from RefSeq NM_018556.4)
3UBASH3An/a
n/a
n/a
n/a
n/achr21 42,425,793ubiquitin associated and SH3 domain containing A, transcript variant 1 (from RefSeq NM_018961.4)
4CTLA4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 203,870,868cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4, transcript variant 1 (from RefSeq NM_005214.5)
5TRBV20-1n/a
    
    
     
n/achr7 142,627,024V region of the variable domain of T cell receptor (TR) beta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A075B6N2)
6IFITM3P6n/a
    
    
     
n/achr12 47,135,699IFITM3P6 (from geneSymbol)
7ZDHHC20P1n/a
    
    
     
n/achr6 29,708,336zinc finger DHHC-type containing 20 pseudogene 1 (from HGNC ZDHHC20P1)
8ENSG00000240535n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 55,034,261ENSG00000240535 (from geneSymbol)
9TIGITn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 114,302,158T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains (from RefSeq NM_173799.4)
10TRAT1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 108,838,895T cell receptor associated transmembrane adaptor 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_016388.4)
11TRGV4n/a
    
    
     
n/achr7 38,354,116V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0A0C4DH28)
12XCL2n/a
    
    
     
n/achr1 168,542,382X-C motif chemokine ligand 2 (from RefSeq NM_003175.4)
13TRBV19n/a
    
    
     
n/achr7 142,619,190V region of the variable domain of T cell receptor (TR) beta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A075B6N1)
14LYNn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr8 55,947,002LYN proto-oncogene, Src family tyrosine kinase, transcript variant 1 (from RefSeq NM_002350.4)
15SAMD3n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr6 130,183,633sterile alpha motif domain containing 3, transcript variant 1 (from RefSeq NM_001017373.4)
16TXKn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr4 48,100,321TXK tyrosine kinase (from RefSeq NM_003328.3)
17FASLGn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 172,662,989Fas ligand, transcript variant 1 (from RefSeq NM_000639.3)
18CD160n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 145,729,393CD160 molecule, transcript variant 1 (from RefSeq NM_007053.4)
19PTPRN2-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 157,856,190PTPRN2 antisense RNA 1 (from RefSeq NR_038966.1)
20TRBV28n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 142,720,910V region of the variable domain of T cell receptor (TR) beta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A5B6)
21TRAV13-1n/a
    
    
     
n/achr14 21,869,102V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J241)
22XCL1n/a
    
    
     
n/achr1 168,579,337X-C motif chemokine ligand 1 (from RefSeq NM_002995.3)
23CCR4n/a
    
    
     
n/achr3 32,953,996C-C motif chemokine receptor 4 (from RefSeq NM_005508.5)
24FAM157An/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 198,185,560family with sequence similarity 157 member A (non-protein coding) (from HGNC FAM157A)
25ENSG00000290937n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 198,195,126family with sequence similarity 157 member A (from RefSeq NR_146164.1)
26SHISAL2An/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 52,645,116shisa like 2A, transcript variant 1 (from RefSeq NM_001042693.3)
27ENSG00000217078n/a
    
    
     
n/achr6 16,163,569ENSG00000217078 (from geneSymbol)
28NAIPP3n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 69,620,879NAIPP3 (from geneSymbol)
29KLRD1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr12 10,318,739killer cell lectin like receptor D1, transcript variant 12 (from RefSeq NR_182262.1)
30NOX5n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr15 69,038,728NADPH oxidase 5, transcript variant 1 (from RefSeq NM_024505.4)
31SPESP1-NOX5n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr15 68,993,629SPESP1-NOX5 (from geneSymbol)
32CYLD-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr16 50,735,116CYLD antisense RNA 1, transcript variant 7 (from RefSeq NR_184279.1)
33PYHIN1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 158,954,305pyrin and HIN domain family member 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_152501.5)
34TRGV2n/a
    
    
     
n/achr7 38,363,191V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0A075B6R0)
35LAIR1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 54,358,157leukocyte associated immunoglobulin like receptor 1, transcript variant h (from RefSeq NR_110279.3)
36ENSG00000224067n/a
    
    
     
n/achr9 111,803,207ENSG00000224067 (from geneSymbol)
37TRGJ2n/a
    
    
     
n/achr7 38,253,404T cell receptor gamma joining 2 (from HGNC TRGJ2)
38TRBV5-1n/a
    
    
     
n/achr7 142,321,110V region of the variable domain of T cell receptor (TR) beta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A578)
39PERPP3n/a
    
    
     
n/achr6 16,161,168PERPP3 (from geneSymbol)
40ECE1-AS1n/a
    
    
     
n/achr1 21,296,532ECE1 antisense RNA 1 (from RefSeq NR_038404.1)
41ENSG00000262312n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr16 3,544,126ENSG00000262312 (from geneSymbol)
42NCR1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 54,909,610natural cytotoxicity triggering receptor 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_004829.7)
43FAM157Bn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr9 138,248,418family with sequence similarity 157 member B (non-protein coding) (from HGNC FAM157B)
44PIK3CGn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 106,887,131phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma, transcript variant 3 (from RefSeq NM_001282427.2)
45LAX1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 203,770,777lymphocyte transmembrane adaptor 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_017773.4)
46IGKV1-13n/a
    
    
     
n/achr2 89,046,230immunoglobulin kappa variable 1-13 (gene/pseudogene) (from HGNC IGKV1-13)
47TAS1R3n/a
    
    
     
n/achr1 1,333,297taste 1 receptor member 3 (from RefSeq NM_152228.3)
48UNC93B5n/a
    
    
     
n/achr11 67,713,853unc-93 homolog B5, pseudogene (from HGNC UNC93B5)
49LNCATVn/a
    
    
     
n/achr1 234,964,355LNCATV (from geneSymbol)
50ITGB2-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr21 44,925,364ITGB2 antisense RNA 1, transcript variant 6 (from RefSeq NR_038316.1)