UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1TRGV4n/a
    
    
     
3e-65chr7 38,354,116V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0A0C4DH28)
2TRGV3n/a
    
    
     
8e-47chr7 38,358,837V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt P03979)
3TIGITn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 114,302,158T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains (from RefSeq NM_173799.4)
4UBASH3An/a
n/a
n/a
n/a
n/achr21 42,425,793ubiquitin associated and SH3 domain containing A, transcript variant 1 (from RefSeq NM_018961.4)
5ENSG00000240535n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 55,034,261ENSG00000240535 (from geneSymbol)
6CD180n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 67,188,206CD180 molecule (from RefSeq NM_005582.3)
7TRGV5Pn/a
    
    
     
n/achr7 38,345,264T cell receptor gamma variable 5P (pseudogene) (from HGNC TRGV5P)
8TRGV2n/a
    
    
     
2e-59chr7 38,363,191V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0A075B6R0)
9ENSG00000262312n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr16 3,544,126ENSG00000262312 (from geneSymbol)
10ENSG00000271680n/a
    
    
     
n/achr1 206,906,160ENSG00000271680 (from geneSymbol)
11XCL1n/a
    
    
     
n/achr1 168,579,337X-C motif chemokine ligand 1 (from RefSeq NM_002995.3)
12TRAT1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 108,838,895T cell receptor associated transmembrane adaptor 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_016388.4)
13PTPRN2-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 157,856,190PTPRN2 antisense RNA 1 (from RefSeq NR_038966.1)
14FASLGn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 172,662,989Fas ligand, transcript variant 1 (from RefSeq NM_000639.3)
15IGHV1-3n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 106,005,334V region of the variable domain of immunoglobulin heavy  chains that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:22158414, PubMed:20176268). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A0C4DH29)
16LINC03058n/a
    
    
     
n/achr14 20,784,090LINC03058 (from geneSymbol)
17TRGV7n/a
    
    
     
n/achr7 38,335,277T cell receptor gamma variable 7 (pseudogene) (from HGNC TRGV7)
18ITGB2-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr21 44,925,364ITGB2 antisense RNA 1, transcript variant 6 (from RefSeq NR_038316.1)
19PERPP3n/a
    
    
     
n/achr6 16,161,168PERPP3 (from geneSymbol)
20ENSG00000286030n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 35,522,624ENSG00000286030 (from geneSymbol)
21KLHDC7Bn/a
    
    
     
n/achr22 50,548,461kelch domain containing 7B (from RefSeq NM_138433.5)
22PDE6Gn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 81,653,500phosphodiesterase 6G, transcript variant 1 (from RefSeq NM_002602.4)
23CCR4n/a
    
    
     
n/achr3 32,953,996C-C motif chemokine receptor 4 (from RefSeq NM_005508.5)
24ENSG00000217078n/a
    
    
     
n/achr6 16,163,569ENSG00000217078 (from geneSymbol)
25UNC93B5n/a
    
    
     
n/achr11 67,713,853unc-93 homolog B5, pseudogene (from HGNC UNC93B5)
26ZDHHC20P1n/a
    
    
     
n/achr6 29,708,336zinc finger DHHC-type containing 20 pseudogene 1 (from HGNC ZDHHC20P1)
27CYLD-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr16 50,735,116CYLD antisense RNA 1, transcript variant 7 (from RefSeq NR_184279.1)
28XCL2n/a
    
    
     
n/achr1 168,542,382X-C motif chemokine ligand 2 (from RefSeq NM_003175.4)
29TOMM20P2n/a
    
    
     
n/achr17 35,514,976TOMM20 pseudogene 2 (from HGNC TOMM20P2)
30LAX1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 203,770,777lymphocyte transmembrane adaptor 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_017773.4)
31IFITM3P6n/a
    
    
     
n/achr12 47,135,699IFITM3P6 (from geneSymbol)
32IGKV5-2n/a
    
    
     
n/achr2 88,897,508V region of the variable domain of immunoglobulin light  chains that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:20176268, PubMed:22158414). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt P06315)
33TRAV8-3n/a
    
    
     
n/achr14 21,852,782V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0A6YYJ7)
34RPL13AP8n/a
    
    
     
n/achr1 206,907,924ribosomal protein L13a pseudogene 8 (from HGNC RPL13AP8)
35ENSG00000225931n/a
    
    
     
n/achr1 2,568,149ENSG00000225931 (from geneSymbol)
36LINC00426n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr13 30,358,630long intergenic non-protein coding RNA 426 (from HGNC LINC00426)
37LYNn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr8 55,947,002LYN proto-oncogene, Src family tyrosine kinase, transcript variant 1 (from RefSeq NM_002350.4)
38ENSG00000234211n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 161,673,401ENSG00000234211 (from geneSymbol)
39ENSG00000267074n/a
    
    
     
n/achr17 35,504,980ENSG00000267074 (from geneSymbol)
40IGHV3-66n/a
    
    
     
n/achr14 106,675,280V region of the variable domain of immunoglobulin heavy  chains that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:22158414, PubMed:20176268). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A0C4DH42)
41ARID3BP1n/a
    
    
     
n/achr1 81,502,631ARID3BP1 (from geneSymbol)
42CD28n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 203,722,775CD28 molecule, transcript variant 1 (from RefSeq NM_006139.4)
43IGKV1-13n/a
    
    
     
n/achr2 89,046,230immunoglobulin kappa variable 1-13 (gene/pseudogene) (from HGNC IGKV1-13)
44ENSG00000272908n/a
    
    
     
n/achr7 38,327,856ENSG00000272908 (from geneSymbol)
45IGKV3D-15n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 90,115,120V region of the variable domain of immunoglobulin light  chains that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:20176268, PubMed:22158414). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A087WSY6)
46TRGJ2n/a
    
    
     
n/achr7 38,253,404T cell receptor gamma joining 2 (from HGNC TRGJ2)
47ENSG00000267359n/a
    
    
     
n/achr17 35,553,986uncharacterized LOC107985033, transcript variant 2 (from RefSeq NR_138032.1)
48CTLA4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 203,870,868cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4, transcript variant 1 (from RefSeq NM_005214.5)
49RPS12P20n/a
    
    
     
n/achr11 72,708,375ribosomal protein S12 pseudogene 20 (from HGNC RPS12P20)
50PLCB2-AS1n/a
    
    
     
n/achr15 40,301,245PLCB2 antisense RNA 1 (from HGNC PLCB2-AS1)