UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1LINC00426n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr13 30,358,630long intergenic non-protein coding RNA 426 (from HGNC LINC00426)
2TRGV3n/a
    
    
     
n/achr7 38,358,837V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt P03979)
3ENSG00000269050n/a
    
    
     
n/achr19 38,871,961ENSG00000269050 (from geneSymbol)
4ENSG00000286030n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 35,522,624ENSG00000286030 (from geneSymbol)
5TIGITn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 114,302,158T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains (from RefSeq NM_173799.4)
6LAX1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 203,770,777lymphocyte transmembrane adaptor 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_017773.4)
7ENSG00000257452n/a
    
    
     
n/achr12 112,962,689ENSG00000257452 (from geneSymbol)
8TOMM20P2n/a
    
    
     
n/achr17 35,514,976TOMM20 pseudogene 2 (from HGNC TOMM20P2)
9KLHDC7Bn/a
    
    
     
n/achr22 50,548,461kelch domain containing 7B (from RefSeq NM_138433.5)
10ENSG00000267074n/a
    
    
     
n/achr17 35,504,980ENSG00000267074 (from geneSymbol)
11CCL3L3n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17_KI270909v1_alt 251,521C-C motif chemokine ligand 3 like 1, transcript variant 2 (from RefSeq NR_111964.2)
12TRGV5Pn/a
    
    
     
n/achr7 38,345,264T cell receptor gamma variable 5P (pseudogene) (from HGNC TRGV5P)
13APOBEC3B-AS1n/a
    
    
     
n/achr22 38,994,884APOBEC3B antisense RNA 1 (from RefSeq NR_104187.1)
14ENSG00000267554n/a
    
    
     
n/achr17 35,470,348ENSG00000267554 (from geneSymbol)
15ENSG00000262312n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr16 3,544,126ENSG00000262312 (from geneSymbol)
16TRGV4n/a
    
    
     
n/achr7 38,354,116V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0A0C4DH28)
17PDE6Gn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 81,653,500phosphodiesterase 6G, transcript variant 1 (from RefSeq NM_002602.4)
18TRGV2n/a
    
    
     
n/achr7 38,363,191V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0A075B6R0)
19XCL1n/a
    
    
     
n/achr1 168,579,337X-C motif chemokine ligand 1 (from RefSeq NM_002995.3)
20LINC02397n/a
    
    
     
n/achr12 92,479,271long intergenic non-protein coding RNA 2397 (from HGNC LINC02397)
21ENSG00000266923n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr12 92,452,605ENSG00000266923 (from geneSymbol)
22ENSG00000262151n/a
    
    
     
n/achr16 10,876,833ENSG00000262151 (from geneSymbol)
23CD180n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 67,188,206CD180 molecule (from RefSeq NM_005582.3)
24FASLGn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 172,662,989Fas ligand, transcript variant 1 (from RefSeq NM_000639.3)
25PTPRN2-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 157,856,190PTPRN2 antisense RNA 1 (from RefSeq NR_038966.1)
26UBASH3An/a
n/a
n/a
n/a
n/achr21 42,425,793ubiquitin associated and SH3 domain containing A, transcript variant 1 (from RefSeq NM_018961.4)
27IGHV1-3n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 106,005,334V region of the variable domain of immunoglobulin heavy  chains that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:22158414, PubMed:20176268). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A0C4DH29)
28TRAT1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 108,838,895T cell receptor associated transmembrane adaptor 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_016388.4)
29KCNA3n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 110,673,702potassium voltage-gated channel subfamily A member 3, transcript variant 1 (from RefSeq NM_002232.5)
30UNC93B5n/a
    
    
     
n/achr11 67,713,853unc-93 homolog B5, pseudogene (from HGNC UNC93B5)
31ERCC6Ln/a
n/a
n/a
n/a
n/achrX 72,221,846ERCC excision repair 6 like, spindle assembly checkpoint helicase, transcript variant 1 (from RefSeq NM_017669.4)
32TRGV5n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 38,349,688V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0A0B4J1U4)
33LINC03058n/a
    
    
     
n/achr14 20,784,090LINC03058 (from geneSymbol)
34CYLD-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr16 50,735,116CYLD antisense RNA 1, transcript variant 7 (from RefSeq NR_184279.1)
35ENSG00000217078n/a
    
    
     
n/achr6 16,163,569ENSG00000217078 (from geneSymbol)
36TRD-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 22,315,090TRD-AS1 (from geneSymbol)
37SERPINB10n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr18 63,922,034serpin family B member 10 (from RefSeq NM_005024.3)
38ENSG00000289724n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr18 63,907,332Protease inhibitor that may play a role in the regulation of  protease activities during hematopoiesis and apoptosis induced by TNF.  May regulate protease activities in the cytoplasm and in the nucleus. (from UniProt H7BYS2)
39SGO1-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 20,532,595SGO1 antisense RNA 1 (from HGNC SGO1-AS1)
40XRCC2n/a
    
    
     
n/achr7 152,660,458X-ray repair cross complementing 2 (from RefSeq NM_005431.2)
41SGO1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 20,177,845shugoshin 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_001199251.3)
42CD200R1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 112,948,154CD200 receptor 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_138806.4)
43PLCB2-AS1n/a
    
    
     
n/achr15 40,301,245PLCB2 antisense RNA 1 (from HGNC PLCB2-AS1)
44ENSG00000225931n/a
    
    
     
n/achr1 2,568,149ENSG00000225931 (from geneSymbol)
45RPL13AP8n/a
    
    
     
n/achr1 206,907,924ribosomal protein L13a pseudogene 8 (from HGNC RPL13AP8)
46PERPP3n/a
    
    
     
n/achr6 16,161,168PERPP3 (from geneSymbol)
47MIR4496n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr12 108,635,840microRNA 4496 (from RefSeq NR_039717.1)
48IGHV5-78n/a
    
    
     
n/achr14 106,851,270immunoglobulin heavy variable 5-78 (pseudogene) (from HGNC IGHV5-78)
49ENSG00000223886n/a
    
    
     
n/achr7 105,530,440ENSG00000223886 (from geneSymbol)
50ENSG00000271680n/a
    
    
     
n/achr1 206,906,160ENSG00000271680 (from geneSymbol)