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Roadmap Epigenome H9 Summary

Track collection: Sample Summary

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     ENCFF718DSK_H3K56ac  ENCFF718DSK H3K56ac    Data format 
     ENCFF718OHY_H2BK12ac  ENCFF718OHY H2BK12ac    Data format 
     ENCFF721XSD_H2AK5ac  ENCFF721XSD H2AK5ac    Data format 
     ENCFF725ZHN_H3K79me1  ENCFF725ZHN H3K79me1    Data format 
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     ENCFF733LYD_H3K18ac  ENCFF733LYD H3K18ac    Data format 
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     ENCFF806DQS_H4K5ac  ENCFF806DQS H4K5ac    Data format 
     ENCFF806FIZ_H3K23ac  ENCFF806FIZ H3K23ac    Data format 
     ENCFF813UXM_H2BK12ac  ENCFF813UXM H2BK12ac    Data format 
     ENCFF822YAQ_H3K4me2  ENCFF822YAQ H3K4me2    Data format 
     ENCFF824EPH_H4K5ac  ENCFF824EPH H4K5ac    Data format 
     ENCFF824JFI_H3K56ac  ENCFF824JFI H3K56ac    Data format 
     ENCFF830TZB_H3K27me3  ENCFF830TZB H3K27me3    Data format 
     ENCFF850KLR_H4K20me1  ENCFF850KLR H4K20me1    Data format 
     ENCFF850LAK_H3K18ac  ENCFF850LAK H3K18ac    Data format 
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     ENCFF859AXB_H2BK12ac  ENCFF859AXB H2BK12ac    Data format 
     ENCFF865YRN_H2BK15ac  ENCFF865YRN H2BK15ac    Data format 
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     ENCFF868WIG_H3K4me2  ENCFF868WIG H3K4me2    Data format 
     ENCFF872OBP_H3K9ac  ENCFF872OBP H3K9ac    Data format 
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     ENCFF881TPS_H2BK12ac  ENCFF881TPS H2BK12ac    Data format 
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     ENCFF885STR_H3K79me2  ENCFF885STR H3K79me2    Data format 
     ENCFF889EYF_H3K79me2  ENCFF889EYF H3K79me2    Data format 
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     ENCFF921UBQ_H3K4ac  ENCFF921UBQ H3K4ac    Data format 
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     ENCFF932RKW_H3K79me2  ENCFF932RKW H3K79me2    Data format 
     ENCFF936ETS_H3K9ac  ENCFF936ETS H3K9ac    Data format 
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     ENCFF952TOW_H3K27me3  ENCFF952TOW H3K27me3    Data format 
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     ENCFF974OPT_H3K23me2  ENCFF974OPT H3K23me2    Data format 
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     ENCFF985LAW_H2BK120ac  ENCFF985LAW H2BK120ac    Data format 
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     ENCFF992NXY_H3K36me3  ENCFF992NXY H3K36me3    Data format 
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     ENCFF993RJV_H3K79me2  ENCFF993RJV H3K79me2    Data format 
     ENCFF995OSE_H3K4me3  ENCFF995OSE H3K4me3    Data format 
     ENCFF995SME_H3K4me3  ENCFF995SME H3K4me3    Data format 
    
Metadata:
Assay:ChIP-seq
OutputType:fold_change_over_control
Sample:H7
genome:hg38
Data schema/format description and download
Assembly: Human Dec. 2013 (GRCh38/hg38)

Vizhub @ Wash U built this track, and Roadmap Epigenomics Consortium is responsible for its contents.

Description

The track files were processed and hosted by ENCODE project.

This track displays the genomic maps based on the sample type. Data were generated using various assay methods for the Roadmap project.

Display conventions

This track displays read density data in form of wiggle plots. Number of aligned reads is counted at each base pair, and a summarized value is computed for each 20 bp interval for display. The subtracks can be displayed and configured individually. See instructions .

Methods

Experimental protocols:

Protocols are located at the bottom of each experiment page. The list of the experiments can be found here: ChIP-seq   polyA plus RNA-seq   microRNA-seq   small RNA-seq   total RNA-seq   DNase   WGBS .

Pipeline overview: follow this link for pipeline overview.

Credits

These data were generated in the following labs which are listed in alphabetical order:

Bing Ren, UCSD
Bradley Bernstein, Broad Institute
Joe Ecker Lab, Salk Institute for Biological Studies
John Stamatoyannopoulos Lab, University of Washington
Joseph Costello, UCSF