Sample Summary IMR-90 Summary Track Settings
 
Roadmap Epigenome IMR-90 Summary

Track collection: Sample Summary

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     ENCFF721URL_H3K4me3  ENCFF721URL H3K4me3    Data format 
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     ENCFF752AQC_H2AK9ac  ENCFF752AQC H2AK9ac    Data format 
     ENCFF755INA_H4K91ac  ENCFF755INA H4K91ac    Data format 
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     ENCFF795AJO_H3K23ac  ENCFF795AJO H3K23ac    Data format 
     ENCFF795SSM_H3K27me3  ENCFF795SSM H3K27me3    Data format 
     ENCFF796CLG_H3K23ac  ENCFF796CLG H3K23ac    Data format 
     ENCFF799VTM_H4K91ac  ENCFF799VTM H4K91ac    Data format 
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     ENCFF806SLL_H3K4me1  ENCFF806SLL H3K4me1    Data format 
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     ENCFF859PAP_H2AFZ  ENCFF859PAP H2AFZ    Data format 
     ENCFF870XFG_H2BK12ac  ENCFF870XFG H2BK12ac    Data format 
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     ENCFF881TXY_H4K8ac  ENCFF881TXY H4K8ac    Data format 
     ENCFF883VWB_H3K27ac  ENCFF883VWB H3K27ac    Data format 
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     ENCFF889GET_H2BK5ac  ENCFF889GET H2BK5ac    Data format 
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     ENCFF993MGL_H3K4me2  ENCFF993MGL H3K4me2    Data format 
     ENCFF993XRI_H4K5ac  ENCFF993XRI H4K5ac    Data format 
     ENCFF994IKW_H2BK20ac  ENCFF994IKW H2BK20ac    Data format 
    
Metadata:
Assay:WGBS
OutputType:signal
Sample:HUES64
genome:hg38
Data schema/format description and download
Assembly: Human Dec. 2013 (GRCh38/hg38)

Vizhub @ Wash U built this track, and Roadmap Epigenomics Consortium is responsible for its contents.

Description

The track files were processed and hosted by ENCODE project.

This track displays the genomic maps based on the sample type. Data were generated using various assay methods for the Roadmap project.

Display conventions

This track displays read density data in form of wiggle plots. Number of aligned reads is counted at each base pair, and a summarized value is computed for each 20 bp interval for display. The subtracks can be displayed and configured individually. See instructions .

Methods

Experimental protocols:

Protocols are located at the bottom of each experiment page. The list of the experiments can be found here: ChIP-seq   polyA plus RNA-seq   microRNA-seq   small RNA-seq   total RNA-seq   DNase   WGBS .

Pipeline overview: follow this link for pipeline overview.

Credits

These data were generated in the following labs which are listed in alphabetical order:

Bing Ren, UCSD
Bradley Bernstein, Broad Institute
Joe Ecker Lab, Salk Institute for Biological Studies
John Stamatoyannopoulos Lab, University of Washington
Joseph Costello, UCSF