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Track collection: Sample Summary

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     ENCFF723NYW_polyA_plus_RNA-seq  ENCFF723NYW polyA_plus_RNA-seq    Data format 
     ENCFF725DVT_H2AK5ac  ENCFF725DVT H2AK5ac    Data format 
     ENCFF729FWI_H3K4ac  ENCFF729FWI H3K4ac    Data format 
     ENCFF729NDF_H3K4me3  ENCFF729NDF H3K4me3    Data format 
     ENCFF732KVH_H3K9me3  ENCFF732KVH H3K9me3    Data format 
     ENCFF733CNW_H2BK120ac  ENCFF733CNW H2BK120ac    Data format 
     ENCFF734XUW_H2BK120ac  ENCFF734XUW H2BK120ac    Data format 
     ENCFF743VOI_H3K23ac  ENCFF743VOI H3K23ac    Data format 
     ENCFF746VLK_H3K36me3  ENCFF746VLK H3K36me3    Data format 
     ENCFF746XZV_H3K27me3  ENCFF746XZV H3K27me3    Data format 
     ENCFF747SND_H3K36me3  ENCFF747SND H3K36me3    Data format 
     ENCFF748IGO_H3K23ac  ENCFF748IGO H3K23ac    Data format 
     ENCFF750LLJ_H3K4ac  ENCFF750LLJ H3K4ac    Data format 
     ENCFF760DMM_H3K27me3  ENCFF760DMM H3K27me3    Data format 
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     ENCFF765KOQ_H3K4me3  ENCFF765KOQ H3K4me3    Data format 
     ENCFF777EIM_H2AFZ  ENCFF777EIM H2AFZ    Data format 
     ENCFF782BIB_H3K9ac  ENCFF782BIB H3K9ac    Data format 
     ENCFF784ERJ_H2AFZ  ENCFF784ERJ H2AFZ    Data format 
     ENCFF792BLY_H3K4ac  ENCFF792BLY H3K4ac    Data format 
     ENCFF803REN_polyA_plus_RNA-seq  ENCFF803REN polyA_plus_RNA-seq    Data format 
     ENCFF820LLO_H2AK5ac  ENCFF820LLO H2AK5ac    Data format 
     ENCFF820RSA_H3K36me3  ENCFF820RSA H3K36me3    Data format 
     ENCFF827WME_H3K27ac  ENCFF827WME H3K27ac    Data format 
     ENCFF831IWI_small_RNA-seq  ENCFF831IWI small_RNA-seq    Data format 
     ENCFF832VED_H2AK5ac  ENCFF832VED H2AK5ac    Data format 
     ENCFF833CAM_H3K4me3  ENCFF833CAM H3K4me3    Data format 
     ENCFF835FCQ_H2BK15ac  ENCFF835FCQ H2BK15ac    Data format 
     ENCFF836XOA_H2BK5ac  ENCFF836XOA H2BK5ac    Data format 
     ENCFF837CCR_H3K4me1  ENCFF837CCR H3K4me1    Data format 
     ENCFF837UHE_H2BK5ac  ENCFF837UHE H2BK5ac    Data format 
     ENCFF842BMA_small_RNA-seq  ENCFF842BMA small_RNA-seq    Data format 
     ENCFF843OJE_H3K23ac  ENCFF843OJE H3K23ac    Data format 
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     ENCFF849LBQ_H3K9me3  ENCFF849LBQ H3K9me3    Data format 
     ENCFF849NUG_H3K27ac  ENCFF849NUG H3K27ac    Data format 
     ENCFF854EEY_H3K27ac  ENCFF854EEY H3K27ac    Data format 
     ENCFF862XWR_polyA_plus_RNA-seq  ENCFF862XWR polyA_plus_RNA-seq    Data format 
     ENCFF865AZV_H3K27me3  ENCFF865AZV H3K27me3    Data format 
     ENCFF868JIG_H3K23ac  ENCFF868JIG H3K23ac    Data format 
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     ENCFF871IXB_H3K9ac  ENCFF871IXB H3K9ac    Data format 
     ENCFF872FDO_H3K4me3  ENCFF872FDO H3K4me3    Data format 
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     ENCFF877IES_polyA_plus_RNA-seq  ENCFF877IES polyA_plus_RNA-seq    Data format 
     ENCFF879BDK_H3K27ac  ENCFF879BDK H3K27ac    Data format 
     ENCFF886HVW_H2AK5ac  ENCFF886HVW H2AK5ac    Data format 
     ENCFF886XLI_H3K4me3  ENCFF886XLI H3K4me3    Data format 
     ENCFF890LBK_H3K9me3  ENCFF890LBK H3K9me3    Data format 
     ENCFF891UAO_H3K9me3  ENCFF891UAO H3K9me3    Data format 
     ENCFF894IHE_H3K4me2  ENCFF894IHE H3K4me2    Data format 
     ENCFF912BOF_H3K4me3  ENCFF912BOF H3K4me3    Data format 
     ENCFF916QOI_H3K14ac  ENCFF916QOI H3K14ac    Data format 
     ENCFF916QYU_H3K4me1  ENCFF916QYU H3K4me1    Data format 
     ENCFF919NAM_small_RNA-seq  ENCFF919NAM small_RNA-seq    Data format 
     ENCFF934VQJ_H3K4me1  ENCFF934VQJ H3K4me1    Data format 
     ENCFF950BFC_H3K4me3  ENCFF950BFC H3K4me3    Data format 
     ENCFF950RAD_H2BK120ac  ENCFF950RAD H2BK120ac    Data format 
     ENCFF955KIK_H3K23ac  ENCFF955KIK H3K23ac    Data format 
     ENCFF957YAN_small_RNA-seq  ENCFF957YAN small_RNA-seq    Data format 
     ENCFF958PIC_H3K36me3  ENCFF958PIC H3K36me3    Data format 
     ENCFF964DTB_H3K4ac  ENCFF964DTB H3K4ac    Data format 
     ENCFF970VFX_H4K8ac  ENCFF970VFX H4K8ac    Data format 
     ENCFF974RCH_H3K23ac  ENCFF974RCH H3K23ac    Data format 
     ENCFF982JIU_H2AK5ac  ENCFF982JIU H2AK5ac    Data format 
     ENCFF992AWO_H3K27me3  ENCFF992AWO H3K27me3    Data format 
     ENCFF996YGT_H2BK5ac  ENCFF996YGT H2BK5ac    Data format 
    
Metadata:
Assay:ChIP-seq
OutputType:fold_change_over_control
Sample:neuron
genome:hg38
Data schema/format description and download
Assembly: Human Dec. 2013 (GRCh38/hg38)

Vizhub @ Wash U built this track, and Roadmap Epigenomics Consortium is responsible for its contents.

Description

The track files were processed and hosted by ENCODE project.

This track displays the genomic maps based on the sample type. Data were generated using various assay methods for the Roadmap project.

Display conventions

This track displays read density data in form of wiggle plots. Number of aligned reads is counted at each base pair, and a summarized value is computed for each 20 bp interval for display. The subtracks can be displayed and configured individually. See instructions .

Methods

Experimental protocols:

Protocols are located at the bottom of each experiment page. The list of the experiments can be found here: ChIP-seq   polyA plus RNA-seq   microRNA-seq   small RNA-seq   total RNA-seq   DNase   WGBS .

Pipeline overview: follow this link for pipeline overview.

Credits

These data were generated in the following labs which are listed in alphabetical order:

Bing Ren, UCSD
Bradley Bernstein, Broad Institute
Joe Ecker Lab, Salk Institute for Biological Studies
John Stamatoyannopoulos Lab, University of Washington
Joseph Costello, UCSF